Skrydžio metu naudojamas šifravimas yra būdas apsaugoti duomenis kompiuterio saugojimo įrenginyje taip, kad informacija liktų prieinama patvirtintam vartotojui, tačiau būtų apsaugota pačiame diske. Skrydžio šifravimo schemos bruožas yra tas, kad informacija skaitoma ir rašoma užkoduota, todėl jokia diske saugoma informacija nėra apsaugota ir užšifruota. Šifravimo metodai ir algoritmai, naudojami greitam šifravimui, turi būti labai greiti ir visiškai automatiniai, todėl vartotojui nereikia daryti nieko daugiau, tik pateikti tam tikro tipo autentifikavimą, kad galėtų naudoti užšifruotą diską ir failus. Paprastai tokiu būdu apsaugotas diskas turi naudoti specialias sistemos tvarkykles prieigai prie duomenų, o tai reiškia, kad kai kuri šifravimo programinė įranga nebūtinai yra nešiojama iš vienos sistemos į kitą, nebent programinė įranga įdiegta iš anksto. Dažniausiai šifravimas, kuris apibrėžiamas kaip veikiantis, naudojamas tais atvejais, kai laikmena yra nuimama, nešiojama arba gali būti bet kada kitaip pasiekiama arba pavogta, todėl duomenis reikia visą laiką saugoti šifruotus.
Kompiuterių saugos srityje šifravimas reiškia įprastų duomenų ar failų paėmimą ir jų apdorojimą tokiu būdu, kad informacija ir galbūt paties failo pavadinimas taptų neįskaitomi ir netinkami asmeniui, neturinčiam rakto ar slaptažodžio, galinčio iššifruoti duomenis. Egzistuoja daugybė šifravimo algoritmų tipų, kai kuriems iš jų paleisti dideliuose failuose reikia nemažai laiko. Skrydžio šifravimo procesas naudoja realaus laiko šifravimo algoritmus, kad užšifruotų ir iššifruotų failą, kai jis pasiekiamas.
Kai veikia greitas šifravimas ir vartotojas nori įkelti ir pakeisti failą, pirmiausia failas nuskaitomas ir greitai iššifruojamas iš fizinės laikmenos. Iššifruotas failas nėra įrašomas į jokią nuolatinę vietą, o saugomas laisvosios kreipties atmintyje (RAM). Kai vartotojas baigia tvarkyti failą, pakeitimai grąžinami atgal į šifravimo programinę įrangą ir programinė įranga įrašys jį tiesiai į laikmeną kaip užšifruotą failą. Vienintelis kartas, kai nešifruota informacija atskleidžiama, yra tada, kai ji laikoma RAM.
Be failų ir katalogų šifravimo, tiesioginis šifravimas taip pat gali būti naudojamas visam diskui ir jo failų sistemai užšifruoti. Tai reiškia, kad kažkas, pavyzdžiui, mini diskas, gali būti visiškai nepasiekiamas asmeniui, kuris neįdiegė tinkamos programinės įrangos ir raktų, kad galėtų jį peržiūrėti. Naudojant kai kurias labai saugias šifravimo sąrankas, pvz., saugos kortelę, specialų išimamą laikmeną arba tikrą kriptografinio procesoriaus lustą kompiuterio viduje, gali prireikti fizinio autentifikavimo.