Southern blot yra metodas, naudojamas aptikti DNR mėginyje ir nustatyti, kiek DNR yra. Ši procedūra pavadinta Edwino Southerno, britų biologo, pradėjusio taikyti šią techniką aštuntajame dešimtmetyje, vardu. Southern blot analizė naudoja gelio elektroforezę, kad atskirtų DNR fragmentus mėginyje, o tada naudoja zondus, kad aptiktų dominančias DNR sekas.
Southern blotavimas prasideda DNR mėginiu, kuris buvo išskirtas iš ląstelių. DNR apdorojama restrikcijos fermentais, kurie suskaido nukleorūgštį į įvairaus dydžio fragmentus. Tada DNR atliekama denatūruojančio agarozės gelio elektroforezės būdu. Šis procesas išskiria fragmentus į atskiras sruogas tuo pačiu metu, kai jie taip pat atskiriami pagal dydį.
Kitas Southern blot veiksmas yra atskirtų DNR fragmentų perkėlimas į nailono arba nitroceliuliozės lakštą, kuriame fragmentai yra nejudrūs. Po to lapas inkubuojamas su vienos grandinės DNR hibridizacijos zondu. Zodo seka sukurta taip, kad ji prisijungtų prie DNR sekos, kurią bandoma aptikti eksperimento metu. Kiekvienas zondo fragmentas prisijungs prie savo papildomos DNR sekos, jei jos yra mėginyje, kad sudarytų dvigrandės DNR sekciją. Zondas yra paženklintas radioaktyviu izotopu arba fermentu. Tam pačiam eksperimentui gali būti naudojami keli zondai.
Kai inkubacija baigta, paskutinis Southern blot proceso žingsnis yra atskleisti vietas, kuriose zondas prisijungė prie papildomos DNR. Jei zondas buvo paženklintas radioaktyviuoju izotopu, tai daroma naudojant rentgeno spindulius, kad būtų aptiktos dėmės, kuriose zondas hibridizavosi su mėginio DNR fragmentais. Kai naudojamas fermentas, atliekama tolesnė inkubacija. Šiuo tikslu naudojamas fermentas, kuris, reaguodamas su substratu, gamina spalvotą produktą, todėl Southern blot užbaigiamas pridedant substrato, kad būtų atskleistos vietos, kuriose zondo DNR prisijungė prie DNR mėginio.
Southern blot yra naudingi dėl įvairių priežasčių. Paprasčiausias metodo panaudojimas yra naudoti zondą, kad būtų galima identifikuoti DNR sekas, kurios domina arba kurios turi būti izoliuotos kitiems tikslams. Southern blotting taip pat naudojamas siekiant nustatyti, kiek tam tikros sekos kopijų yra mėginyje. Tai įmanoma, nes stipresnis radioaktyvus arba fermentinis signalas sukuriamas, kai yra daugiau sekos kopijų, kurios yra prijungtos prie zondų.
Kitas įprastas technikos panaudojimas yra genetinis manipuliavimas bakterijomis ir kitais mikroorganizmais. Šiuo atveju bandoma bakterijų DNR, siekiant nustatyti, ar svetima DNR buvo sėkmingai įvesta į bakterijas. Southern blotting taip pat yra restrikcijos fragmento ilgio polimorfizmo metodo pagrindas.