Srauto citometrija yra atskirų ląstelių tyrimas, kai jos praeina per skysčio srovę. Ląstelės komponentai, tiek viduje, tiek paviršiuje, pirmiausia turi būti pažymėti vienu ar keliais fluorescenciniais dažais. Instrumente, vadinamame srauto citometru, esantis lazeris sužadina šias fluorescencines molekules, kad jos skleidžia šviesą įvairiais bangos ilgiais. Fluorescencijos kiekis gali parodyti, kiek įvairių tipų ląstelių yra mėginyje. Srauto citometrija naudojama laboratorijose įvairiems tikslams, įskaitant vėžio tyrimus, imunologiją ir ląstelių ciklo analizę.
Norint atlikti srauto citometrinę analizę, pavienių ląstelių suspensija turi būti nudažyta fluorescenciniais dažais, o tai gali būti atliekama vieno etapo arba dviejų pakopų procesu. Ląstelių baltymai dažnai dažomi naudojant antikūnus, nukreiptus prieš dominantį baltymą. Vieno etapo procesas apima ląstelių dažymą antikūnais, kurie jau yra pažymėti fluorescenciniais dažais. Jei pažymėtų antikūnų nėra, ląsteles pirmiausia galima nudažyti nepažymėtu pirminiu antikūnu, o paskui fluorescenciniu būdu pažymėtu antriniu antikūnu.
Kai ląstelės yra paženklintos, jos yra paruoštos srauto citometrijos analizei. Ant srauto citometro uždedamas mėgintuvėlis, kuriame yra ląstelių suspensija. Ląstelės teka per instrumentą ir praeina prieš lazerį viename faile. Kai lazeris patenka į kiekvieną ląstelę, šviesa yra išsklaidyta į priekį arba į šoną. Priekinės sklaidos matavimai rodo ląstelės dydį, o šoninė sklaida yra ląstelių granuliškumo matas.
Lazerio energija taip pat sužadina fluorochromo molekules, fluorescencinius dažus, naudojamus ląstelėms dažyti. Įprastas srauto citometrijai naudojamas lazeris yra argono jonų lazeris, skleidžiantis šviesą, kurio bangos ilgis yra 488 nanometrai (nm). Ši šviesa sužadina žalio dažiklio fluoresceino molekules, kurios vėliau skleidžia 525 nm bangos ilgio šviesą. Srauto citometro fotodaugintuvuose (PMT) yra šviesos filtrai, aptinkantys įvairių fluorochromų skleidžiamą šviesą. Prietaisas gali turėti keletą PMT, kurie aptinka šviesą skirtingais bangos ilgiais.
Raudonasis diodas, violetinis diodas arba He-Ne (helio-neonas) yra kiti lazeriai, kurie gali būti naudojami srauto citometre. Kiti fluorochromai, naudojami srauto citometrijos analizėje, yra fikoeritrinas, Teksaso raudonasis arba alofikocianinas. Įvairūs lazerių ir fluorochromų deriniai leidžia tyrėjui surinkti informaciją apie daugybę skirtingų ląstelių žymenų to paties eksperimento metu.
Programinė įranga, skirta naudoti su srauto citometru, padeda tyrėjui vizualizuoti duomenis. Ląstelių populiacijos analizuojamos naudojant taškų diagramas, tankio diagramas arba histogramas. Aplink dominančias ląsteles galima nubrėžti sritis, o fluorescencijos intensyvumas gali parodyti įvairių ląstelių procentą mėginyje.