Tipinė ne pelno organizacijos struktūra suskirstyta į tris pagrindines kategorijas. Šios kategorijos apima valdymą, administravimą ir programas. Šiuose trijuose pirminiuose skyriuose taip pat yra daug subkategorijų arba poskyrių, kurie patenka į kiekvieną. Būsena, kurioje ne pelno organizacija registruojasi, taip pat turi įtakos bendrai organizacijos struktūrai.
Ne pelno organizacijos valdymas yra direktorių valdyba. Direktorių valdybą gali sudaryti keli valdyboje dalyvaujantys asmenys arba dešimtys narių. Visų pirma, valdybos dydis priklauso nuo ne pelno organizacijos dydžio ir poreikių. Valdybos dydis taip pat priklauso nuo valstybės, kurioje yra organizacijos būstinė. Pagrindinis direktorių tarybos vaidmuo yra sukurti ir įgyvendinti organizacijos politiką.
Antroji pagrindinė ne pelno organizacijos kategorija yra administravimas. Nors direktorių valdyba yra ne apmokami darbuotojai, o tiesiog suinteresuotos šalys ar savanoriai, administracija yra apmokama. Dvi pagrindinės darbuotojų arba administracijos subkategorijos yra vykdomasis direktorius arba prezidentas ir personalas. Žinoma, personalą gali sudaryti įvairūs darbuotojai.
Kadangi ne pelno organizacijos prielaida yra vykdyti konkretų tikslą, ne pelno organizacijos struktūros programų sritis siekia sukurti ir įgyvendinti programas, kurios atitinka tikslą. Pavyzdžiui, jei pelno nesiekianti organizacija yra istorijos muziejus, tada jo tikslas yra įamžinti konkrečios vietovės istoriją. Programos gali apimti socialinius renginius, seminarus ir net istorines ekskursijas po vietovę.
Pagrindinės programos sritys apima planavimą, lėšų rinkimą, viešuosius ryšius, rinkodarą, operacijas, savanorių koordinavimą, plėtrą ir žmogiškuosius išteklius. Vėlgi, net šiose programų subkategorijose yra papildomų subkategorijų. Rinkodaros programą gali sudaryti rinkodaros direktorius, rinkodaros vadovas ir viešųjų ryšių vadovas. Lėšų rinkimo srityje gali būti duomenų bazės koordinatorius, narystės direktorius ir renginių planuotojas.
Valstybės įstatymai, kuriuose ne pelno organizacija pradėjo ir veikia, taip pat reglamentuoja ne pelno organizacinę struktūrą. Pavyzdžiui, Teksase ne pelno organizacijai turi būti bent trys direktoriai, kurie sėdi jos valdyboje. Valstybė taip pat reikalauja, kad vienas asmuo eitų organizacijos prezidento pareigas, o atskiras asmuo turi eiti valdybos ir organizacijos sekretoriaus pareigas. Valstybės įstatymai taip pat paaiškina, kad prezidentas ir sekretorius turi būti ne tas pats asmuo, o du atskiri žmonės.