Žmogaus virškinamasis traktas prasideda burnoje ir tęsiasi iki išangės. Žarnyno flora – tai virškinamajame trakte gyvenantys mikroorganizmai. Šie mikroorganizmai paprastai yra nekenksmingi. Jų pasiskirstymas skiriasi priklausomai nuo žarnyno vietos ir tarp individų. Jie atlieka svarbų vaidmenį apsauginėje, struktūrinėje ir metabolinėje žarnyno veikloje.
Bakterijos yra dominuojantys mikroorganizmai žarnyne. Jie dominuoja tiek distalinės plonosios žarnos tuščiojoje žarnoje, tiek klubinėje žarnoje, tiek storojoje žarnoje. Rūgštinės, kasos ir tulžies išskyros neleidžia jų kolonizuotis skrandyje ir proksimalinės plonosios žarnos dvylikapirštėje žarnoje. Aerobinės bakterijos, tokios kaip aerobinės laktobacilos ir enterokokai, yra dominuojanti žarnyno flora tuščiojoje žarnoje, o klubinėje žarnoje ir storojoje žarnoje vyrauja anaerobinės bakterijos, tokios kaip bifidobakterijos, Escherichia coli ir anaerobinės laktobacilos. Suaugusio žmogaus žarnyne gali atsirasti tam tikrų bakterijų populiacijos pakitimų, kai pasikeičia amžius, mityba, gyvenimo būdas ir aplinka.
Įprastomis sąlygomis žmogaus šeimininkas ir jo žarnyno flora turi simbiotinį ryšį, kai abu yra naudingi vienas kitam. Žmogaus šeimininkas suteikia maistą ir stabilią aplinką žarnyno florai. Tuo tarpu žarnyno flora teikia naudos savo žmogaus šeimininkui, nes užkerta kelią kenksmingų bakterijų kolonizacijai žarnyne, užkertant kelią žarnyno uždegimams, prisideda prie imuninės sistemos vystymosi, gerina maisto ir vandens įsisavinimą bei sintezuoja vitaminus K ir B12.
Dėl barjerinio poveikio užkertamas kelias kenksmingų bakterijų augimui, o tai reiškia, kad žarnyno floros prilipimas prie žarnyno gleivinės konkuruoja su kenksmingomis bakterijomis ir stabdo jų invaziją. Jo vaidmuo užkertant kelią žarnyno uždegimui ir prisidedant prie imuninės sistemos vystymosi siejamas su žarnyno floros gebėjimu stimuliuoti žarnyno limfoidinius audinius, kad jie gamintų antikūnus prieš kenksmingas bakterijas. Limfoidinių audinių augimą taip pat gali sukelti trumpos grandinės riebalų rūgštys, kurios yra bakterijų angliavandenių fermentacijos produktai. Be to, trumpos grandinės riebalų rūgštys kontroliuoja žarnyno gleivinės ląstelių dauginimąsi ir diferenciaciją, kurios padeda išvengti žarnyno gleivinės pažeidimo.
Be angliavandenių fermentacijos, žarnyno floros gaminami fermentai taip pat pagerina angliavandenių pasisavinimą. Šie fermentai virškina angliavandenius į žmonėms naudingos energijos ir maistinių medžiagų formą. Be to, pagerėja vandens ir su maistu gaunamų mineralų, tokių kaip geležis, kalcis ir magnis, kurie taip pat būtini žmogaus organizmo medžiagų apykaitos funkcijoms, įsisavinimas.