Žiniatinklio duomenų bazė yra informacijos saugojimo sistema, kurią vėliau galima pasiekti per svetainę. Pavyzdžiui, internetinė bendruomenė gali turėti duomenų bazę, kurioje saugomi visų jos narių vartotojo vardas, slaptažodis ir kita informacija. Dažniausiai internete naudojama duomenų bazių sistema yra MySQL dėl jos integracijos su PHP – viena iš plačiausiai naudojamų serverio pusės programavimo kalbų.
Paprasčiausiu lygiu žiniatinklio duomenų bazė yra vienos ar kelių lentelių, kuriose yra duomenų, rinkinys. Kiekvienoje lentelėje yra skirtingi laukai, skirti saugoti įvairių tipų informaciją. Tada šias lenteles galima susieti, kad būtų galima naudingai ar įdomiai manipuliuoti duomenimis. Daugeliu atvejų lentelėje bus naudojamas pirminis raktas, kuris turi būti unikalus kiekvienam įrašui ir leidžia nedviprasmiškai pasirinkti duomenis.
Žiniatinklio duomenų bazė gali būti naudojama įvairiems tikslams. Kiekvienas lentelės laukas turi turėti apibrėžtą duomenų tipą. Pavyzdžiui, skaičiai, eilutės ir datos gali būti įterpti į žiniatinklio duomenų bazę. Tinkamas duomenų bazės projektavimas apima teisingo duomenų tipo pasirinkimą kiekvienam laukui, siekiant sumažinti atminties suvartojimą ir padidinti prieigos greitį. Nors mažoms duomenų bazėms tai dažnai nėra taip svarbu, didelės žiniatinklio duomenų bazės gali išaugti iki milijonų įrašų ir turi būti gerai suprojektuotos, kad veiktų efektyviai.
Turinio valdymo sistemos dažniausiai naudoja žiniatinklio duomenų bazes, kad saugotų informaciją, pvz., įrašus, naudotojų vardus ir komentarus. Naudojant duomenų bazę, svetainę galima lengvai atnaujinti ir nereikia redaguoti kiekvieno atskiro puslapio HTML kodo. Tai ne tik daug efektyvesnis būdas sukurti ir atnaujinti svetainę, bet ir padaryti šį procesą labiau prieinamą žmonėms, kurie laisvai nemoka interneto programavimo kalbų.
Pavyzdys, kur galima naudoti žiniatinklio duomenų bazę, yra internetinis forumas. Forumo programinė įranga dažnai sukuria duomenų bazę su daugybe lentelių, įskaitant vieną, skirtą vartotojams, įrašams ir nustatymams. Svarbu, kad ryšiai tarp duomenų bazės lentelių būtų tinkamai nustatyti ir apibrėžti, kad įrašus ir vartotojus būtų galima lengvai susieti.
Kai kuriais atvejais žiniatinklio duomenų bazes galima įsigyti su jau įtraukta informacija. Pavyzdžiui, duomenų bazėje gali būti visų JAV odontologų sąrašas kartu su valstija ir adresu. Šios duomenų bazės dažniausiai integruojamos į susijusias svetaines naudojant PHP ir HTML, kartu su papildomu turiniu.