Kad bakterijos, virusai ir kitos mikroskopinės pašalinės medžiagos, patekusios į organizmą, jo nesunaikintų, žmogaus imuninė sistema sukuria žmogaus antikūnus, kad nustatytų įsibrovėlių ir sukeltų atsaką juos sunaikinti. Antikūnas yra baltymų tipas, paprastai randamas kraujyje, atitinkantis konkrečią ligą arba įsibrovėlį, žinomą kaip patogenas. Kai žmogus suserga, organizmas gamina žmogaus antikūnus ligai, kuri sukėlė ligą. Jei virusas grįš, antikūnas prie jo prisilies, o imuninė sistema naudos tai kaip signalą, kad sunaikintų visas organizme aptiktas viruso daleles.
Kiekvienas žmogaus antikūnas jungiasi tik su viena specifine dalele. Kiekvieną kartą, kai organizmas susiduria su nauju virusu ar kita svetima dalele, kurią laiko grėsme, organizmas turi sukurti naują antikūną, kuris atitiktų tą objektą. Antikūnas yra baltymo struktūra, panaši į visus kitus antikūnus su viena išimtimi. Baltymų galas šiek tiek skiriasi, kad atitiktų konkrečią ligą, kurią jis turi blokuoti.
Baltymo galas vadinamas hiperkintamu regionu. Gali egzistuoti milijonai skirtingų atmainų, leidžiančių organizmui sukurti žmogaus antikūnus milijonams skirtingų pašalinių dalelių. Dėl to organizmas taip efektyviai kovoja su daugeliu ligų.
Invazinės dalelės yra žinomos kaip patogenai, tačiau tikrasis dalelės baltymas, kuris sukelia antikūną, yra žinomas kaip antigenas. Ant šio antigeno yra dalis, žinoma kaip epitopas, ty sritis, kurią žmogaus antikūnas atpažįsta konkrečiai. Kai antikūnas atpažįsta patogeną ir susijungia su juo, jis naudoja vieną iš trijų būdų, kaip neutralizuoti arba sunaikinti patogeną.
Neutralizavimas, opsonizacija ir komplemento aktyvinimas yra trys būdai sunaikinti patogeną. Neutralizuojant antikūnas tiesiog prisijungia prie patogeno ir neleidžia jam daryti nieko kito, taip sustabdant viruso plitimą ir jo atakas. Opsonizacija apima patogeno padengimą specialia danga, kuri liepia organizmo fagocitinėms ląstelėms sunaikinti patogeną. Galiausiai, komplemento aktyvinimas leidžia patogenui surišti įsibrovėlį ir tada naudoti opsonizaciją, kad jį sunaikintų. Priklausomai nuo objekto tipo, su kuriuo susiduria, antikūnas gali pats sunaikinti patogeną.
Kaip ir bet kuri kūno dalis, imuninė sistema ir žmogaus antikūnai nėra tobuli. Problemos kyla, kai antikūnai atakuoja netinkamas daleles, ignoruodami kitas. Pavyzdžiui, tam tikras medicininis gydymas gali suaktyvinti organizmo imuninę sistemą, kuri bando sunaikinti organizme esančius naudingus vaistus. Sergant tam tikromis ligomis, organizmas gali atakuoti savo sveikas ląsteles, sukeldamas žalą ir sveikatos problemų. Liga taip pat gali veikti priešingai ir neleisti organizmui užpulti kenksmingų virusų, kuriuos jis turi pašalinti.