Ciprofloksacinas yra antibiotikas ir naikina tik tam tikras bakterijų rūšis. Lytiškai plintančias ligas (LPL) gali sukelti įvairios infekcijos, kurių bakterijos sudaro tik dalį. Iš bakterinių infekcijų, kurias medicinos specialistai anksčiau vartojo ciprofloksacinu, kai kurios tapo atsparios šiam vaistui, todėl gali prireikti kitų antibiotikų. Nuo 2011 m. manoma, kad šankroidas ir pirmiausia atogrąžų lytiniu keliu plintanti kirkšnies granuloma yra gydomi šiuo vaistu.
Kai LPL sukelia virusas, ciprofloksacinas nėra veiksmingas. Virusų sukeliamos LPL yra lytinių organų pūslelinė, žmogaus imunodeficito virusas (ŽIV) ir genitalijų karpos. Virusai paprastai nereaguoja į antibiotikus.
Kiekvienas antibiotikas taip pat turi specifinį veikimo būdą, todėl negali būti nukreiptas į visas bakterijų rūšis. Pavyzdžiui, chlamidiją sukelia Chlamydia trachomatis bakterija, kurios ciprofloksacinas negali nukreipti. Ciprofloksacinas taip pat neveiksmingas nuo limfogranulomos kraujo, kurią taip pat sukelia C. trachomatis.
Kitos bakterinės ligos, kurių ciprofloksacinas negali gydyti, yra sifilis, kai ligą sukelia bakterija Treponema pallidum. Bakterinė vaginozė yra kita būklė, kurią gali sukelti arba nesukelti STD. Ši būklė taip pat paprastai nereaguoja į gydymą, kurio sudėtyje yra ciprofloksacino. Trichomonozė ir ciprofloksacinu neišnyksta, bet šiuo atveju taip yra todėl, kad sukėlėjas yra pirmuonis parazitas, o ne bakterija.
Laikui bėgant bakterijos gali vystytis ir sukurti atsparumo antibiotikams mechanizmus, o ciprofloksacinas nėra išimtis. Jungtinių Valstijų ligų kontrolės centrai (CDC) 1998 m. paskelbė pareiškimą, kuriame nurodė, kad ciprofloksacinas buvo vienas iš veiksmingų gonorėjos gydymo būdų, tačiau 2010 m. gonorėją sukelianti bakterija buvo tokia atspari šiam vaistui, kad CDC rekomendavo vartoti kitus vaistus. vietoj to reikia vartoti vaistus, tokius kaip ceftriaksonas.
Remiantis 2010 m. CDC rekomendacijomis dėl lytiniu keliu plintančių ligų gydymo galimybių, ciprofloksacinas yra tinkamas gydyti tik šankroidą ir ligą, kuri dažniausiai pasireiškia atogrąžų šalyse, vadinamą smilkinio granuloma. Šios ligos atveju sukėlėjas yra Klebsiella granulomatis. Nors ciprofloksacinas nuo 2011 m. gali gydyti šias ligas, kartais kyla problemų.
Su chancroid yra keletas padermių, kurios yra atsparios vaistui. Tokiais konkrečiais atvejais kiti vaistai, tokie kaip azitromicinas, gali sėkmingai gydyti infekciją. Granuloma inguinale taip pat turi tendenciją pasikartoti, net jei pradinis gydymas antibiotikais atrodo sėkmingas. Kitas ciprofloksacino vartojimo nuo lytiniu keliu plintančių ligų trūkumas yra tai, kad jis nėra saugus nėščioms ir krūtimi maitinančioms moterims.