Visoje San Francisko įlankoje yra 18 salų, įskaitant negyvenamas uolas, saugomus laukinės gamtos prieglobsčius ir išsivysčiusias salas su didelėmis populiacijomis. Kai kurios San Francisko įlankos salos yra gana žinomos, kaip ir Alkatraso atveju. Daugelis jų pasiekiami tik privačiais vandens laivais, pvz., burlaiviais, ir kiekvienas turi unikalių savybių, dėl kurių verta apsilankyti, jei galite ten patekti.
Daugelis salų yra skirtos parkams ir prieglobsčiams. Angelo sala yra valstybinis parkas, į kurį galima patekti keltu iš kelių vietų aplink įlanką, o Alkatrasas yra nacionalinis parkas. Lankytojai šiose salose laukiami ištisus metus, nors vasara yra didžiausias lankymo sezonas. Taip pat yra keletas laukinės gamtos prieglobsčių, įskaitant Rytų ir Vakarų Marino salas, Brukso salą ir Bairo salą. Brukso sala yra Rytų įlankos regioninių parkų rajono dalis, joje gyvena migruojantys paukščiai, pelkės ir pėsčiųjų takai. Bairo sala yra platus laukinės gamtos prieglobstis Pietų įlankoje ir yra svarbi Bay Area ekologijos dalis.
Taip pat yra keletas San Francisko įlankos salų, kurios yra šiek tiek daugiau nei šlovintos uolų atodangos. Tai yra Red Rock sala, esanti vakarinėje Ričmondo tilto pusėje, kartu su Rytų ir Vakarų Sisters, Ballena Bay sala šalia Alamedos ir Pat Rock. Red Rock Island taip pat yra vienintelė privati San Fransisko įlankos salų nuosavybė, nors tai, kad ji techniškai yra trijose apskrityse, daro potencialią plėtrą iššūkiu.
Įlankoje yra ir apgyvendintų salų. Viena, Pakrančių apsaugos sala, skirta tik kariniams tikslams. Visos kitos apgyvendintos salos yra atviros visuomenei. Yerba Buena sala yra San Francisko įlankos tilto viduryje, joje gyvena civiliai ir nedidelė pakrančių apsaugos stotis. Lobių sala – dirbtinė sala, prie Yerba Buenos prijungta prie pakylos, yra buvusi karinio jūrų laivyno bazė su civilių būstais šiauriniame jos gale. Alameda, sala, esanti tiesiai prie Oklando pakrantės, pasiekiama keliais keliais ir turi didelę Viktorijos laikų ir karalienės Anos architektūros pavyzdžių kolekciją.
Šios salos, kaip matyti, yra gana įvairios. Daugelis įlankos gyventojų gali pavadinti tik keletą iš 18 salų, todėl pasiruoškite sužavėti žmones savo vietinėmis žiniomis. Įvairios gyvenamosios vietos ir gamtos draustiniai San Fransisko įlankos salose taip pat suteikia įdomų įlankos gyvenimo, tiek žmonių, tiek gyvūnų, pjūvį.