Daugelis žmonių pastebėjo, kad pupelės gali turėti įtakos virškinamajam traktui, kuris dažnai pasireiškia dujų pavidalu. Ši tendencija yra taip susijusi su pupelėmis, kad apie tai mini populiarus vaikiškas eilėraštis. Tačiau daugelis kitų maisto produktų taip pat gali padidinti dujų susidarymą, įskaitant kitus ankštinius augalus, žiedinius kopūstus, kopūstus, Briuselio kopūstus ir svogūnus. Taip yra todėl, kad tam tikrus šiuose maisto produktuose esančius cukrus žmogaus organizmas sunkiai suskaido; pupelės sukelia dujų susidarymą, nes jose dažnai ypač daug šio cukraus.
Nors dauguma žmonių to nežino, didžioji dalis pupelių sukuriamų dujų iš tikrųjų yra bekvapės. Kvapioji dalis visų pirma yra lakieji sieros junginiai. Konkrečios dujos, pvz., siera, taip pat gali išsiskirti, kai bakterijos žarnyne apdoroja kitas valgio dalis. Nors dujos gali ir nelabai gerai kvepėti, iš esmės jos nėra kenksmingos. Vakarieniautojai gali vengti derinti pupeles su kitais kvapniais maisto produktais, pavyzdžiui, svogūnų šeimos nariais, jei jie yra ypač susirūpinę.
Pupelėse esanti medžiaga, sukelianti dujų susidarymą, yra oligosacharidas – cukraus rūšis, kurios žmogaus organizmas paprastai nevirškina. Pupelės sukelia dujas, kai šis cukrus patenka į storąją žarną, kurioje gausu bakterijų. Kadangi cukrus nebuvo suskaidytas ankstesniuose virškinimo proceso etapuose, šios bakterijos ima jį kaip mitybos šaltinį, suvartoja jį ir greitai dauginasi. Susidariusios dujos yra bakterijų virškinimo proceso šalutinis produktas.
Pupelėse taip pat yra daug skaidulų – kitos medžiagos, kuri linkusi didinti dujų susidarymą. Be to, jie dažnai derinami su pieno produktais burituose ir kituose meksikietiškuose maisto produktuose; daugelis žmonių yra susipažinę su tokio maisto pasekmėmis, ypač kai jis greitai suvalgomas. Atrodo, kad valgant greitai, organizmui sunkiau suskaidyti maistą, todėl padidėja dujų susidarymo tikimybė. Stresas taip pat gali prisidėti prie problemos.
Nepakankamai išvirtos pupelės sukelia didesnį dujų kiekį. Žmonės, norintys sumažinti riziką, gali norėti pamirkyti savo pupeles bent aštuonias valandas prieš virdami ir taip pat jas nuplauti. Konservuotas pupeles taip pat reikia gerai nuplauti. Atrodo, kad vanduo nuplauna dalį dujas sukeliančio cukraus, todėl pupelės tampa mažiau lakios. Taip pat pasitaiko, kad sutrumpėja gaminimo laikas, o tai gali būti patogu skubantiems virėjams. Verdant pupeles svarbu įsitikinti, kad jos iškeps iki minkštumo.