Žalio pieno sūris gaminamas iš nepasterizuoto pieno, o kai kurie medicinos specialistai mano, kad jis kelia pavojų sveikatai, nesusijusį su pasterizuotais sūriais. Daug diskutuojama dėl žalio pieno sūrio ir jo santykinio pavojaus, nors bendrai sutariama, kad jo turėtų vengti nėščios moterys ir imunodeficito žmonės. Manoma, kad šis sūris yra pavojingas, nes jis kelia didesnę bakterinės infekcijos riziką nei pasterizuoto pieno sūriai, ypač jei netinkamai elgiamasi.
Kai pienas pasterizuojamas, jis pašildomas iki aukštos temperatūros ir palaikomas tam tikrą laiką, kad sunaikintų kenksmingas bakterijas, tokias kaip Listeria, E. Coli, kampilobakterijos, salmonelės ir kt. Pasterizuotas pienas nėra techniškai sterilus; jis tiesiog kelia mažesnę galimą bakterijų riziką nei žalias pienas. Visi švieži ir daug drėgmės turintys sūriai Jungtinėse Valstijose gaminami su pasterizuotu pienu dėl susirūpinimo dėl infekcijos. Vis dėlto pasterizuotas pienas gali būti užterštas, todėl, kaip ir bet kuris maisto produktas, jį reikia tvarkyti atsargiai ir tinkamai laikyti šaldytuve.
Žalio pieno sūris labiau linkęs turėti kenksmingų bakterijų, nes bakterijos niekada nežūva pasterizuojant. Dėl to, jei pienas bus užterštas kokiomis nors bakterijomis melžimo ar sūrio gamybos proceso metu, tos bakterijos atsiras galutiniame produkte. Tada vartotojai susidurtų su bakterijomis, kurios gali sukelti nuo lengvo skrandžio sutrikimo iki mirties. Dėl šios priežasties daugelis šalių, įskaitant JAV, riboja žalio pieno sūrio pardavimą dėl visuomenės sveikatos problemų.
Yra senos žalio pieno sūrio kulinarinės tradicijos, o kai kurie vartotojai mano, kad jis pranašesnis už pasterizuotą sūrį. Dėl šios priežasties jie ieško sūrių, pagamintų iš žalio pieno, nori rizikuoti užsikrėsti bakterine infekcija, siekdami kulinarinio malonumo. Sūriui senstant jis tampa rūgštesnis, o tai reiškia, kad senesnį žalio pieno sūrį valgyti daug saugiau. Kai kurios organizacijos, tokios kaip Maisto ir vaistų administracija, mano, kad skonis nėra vertas pavojaus sveikatai, ir nepritaria žalio pieno pieno produktų vartojimui.
Galiausiai, žalio pieno ir pasterizuoto pieno sūrio debatai yra apie infekciją ir užterštumo kontrolę. Didelius per maistą plintančių ligų protrūkius gali sukelti pasterizuotas pienas, kuris buvo užterštas gamybos proceso metu, taip pat lengvai, kaip ir žalias pienas. Apskritai su pienu ir sūrio produktais reikia elgtis atsargiai ir išmesti, jei vartotojui atrodo, kvepia ar skonis „nepatogus“.
Pasterizavimas yra tik viena infekcijų kontrolės dalis, o pieninė, kuri yra švari ir sterili, turėtų gaminti sveiką pieną. Jei karvėms bus leista klajoti, jos bus laikomos švariomis ir jiems bus suteikta tinkama veterinarinė priežiūra, jos taip pat mažiau nešios potencialiai kenksmingas bakterijas, kurios perduos vartotojams. Perkant žalio pieno sūrį, yra puiki idėja nuvykti į šaltinį, kad prieš perkant sūrio gaminį galėtumėte asmeniškai patikrinti švaros sąlygas. Bet kuri gerbiama pieninė su malonumu aprodo svečius po savo įmonę, parodydama veiksmus, kurių buvo imtasi siekiant sumažinti bakterijomis užteršto pieno riziką.