Amilazės, fermento, skaidančio krakmolą ir sudėtingus cukrus į paprastus cukrus, struktūra paprastai yra gana paprasta, tačiau fermentas atlieka svarbų vaidmenį virškinant angliavandenius. Yra du skirtingi šios molekulės variantai, vadinami alfa amilaze ir beta amilaze. Žmogaus kūnas turi dviejų tipų alfa amilazę: vieną seilėse ir kitą kasoje. Abi molekulės yra svarbios angliavandenių virškinimui, nes organizmas negali virškinti sudėtingų cukrų ir krakmolo, prieš tai jų nesuskaidęs. Beta amilazės žmogaus organizme nėra, ji dažniausiai randama augaluose ir sėklose.
Nors amilazės struktūra ir tipas gali skirtis tarp organizmų, yra keletas bendrų amilazės molekulių savybių. Alfa ir beta amilazės turi struktūrą, vadinamą statinės sritimi, kuri sudaro didžiąją dalį bendros fermento formos. Visi fermentai taip pat turi esminę sritį, vadinamą aktyvia vieta. Tai yra fermento dalis, kuri jungiasi su sudėtingu cukrumi arba krakmolu, kad jį suskaidytų. Angliavandenių skaidymo aktyvioje vietoje procesas apima sąveiką tarp kelių atomų ir jonų grupių tiek aktyvioje vietoje, tiek angliavandenių molekulėje.
Žmogaus organizme amilazės struktūra yra panaši, nesvarbu, ar ji randama seilėse, ar kasoje. Abu žmogaus amilazės variantai yra mažos molekulės, sudarytos iš vienos grandinės statybinių blokų, vadinamų aminorūgštimis. Aminorūgščių grandinė sudaro tris atskirus regionus, vadinamus domenais, ir kiekvienas domenas turi specifinę biologinę funkciją, padedančią skaidyti angliavandenius. Du iš šių domenų yra glaudžiai susiję, o trečiasis domenas gali labai skirtis tarp amilazių. Nepaisant panašumo, seilių ir kasos amilazės nepakeičiamos; kasos amilazė paprastai užbaigia darbą, kurį pradėjo seilių amilazė.
Nors amilazės struktūra paprastai yra paprasta, yra keletas variantų, kurie yra daug sudėtingesni nei dauguma. Dauguma alfa amilazių yra labai panašaus ilgio, tačiau kai kurios susilanksto į daugiau nei tris bendras sritis. Kai kurios beta amilazės yra didžiulės, palyginti su alfa amilazėmis, kuriose vietoj vienos yra keturios atskiros aminorūgščių grandinės. Šiuo atveju amilazės struktūra yra keturis kartus didesnė nei dauguma kitų. Daugelyje žinomų maistinių augalų yra šios rūšies amilazės, įskaitant miežius, sojų pupeles ir saldžiąsias bulves, tačiau amilazės molekulės dydis nepadidina ir nepablogina augalo maistinių savybių.