Amoksicilino sąveika gali apimti nepageidaujamus vaistų derinius, taip pat konfliktus su pagrindinėmis sveikatos būklėmis. Tokie vaistai kaip metotreksatas, kiti antibiotikai, gimstamumo kontrolė ir tam tikri antivirusiniai vaistai gali prieštarauti amoksicilinui. Pacientai, sergantys kolitu ir inkstų sutrikimais, gali negalėti saugiai vartoti šio vaisto arba gali prireikti koreguoti dozę. Prieš pradėdami vartoti amoksiciliną, jie gali aptarti savo ligos istoriją su priežiūros paslaugų teikėju, kad nustatytų, ar tai tinka jų poreikiams.
Metotreksatas, vaistas, vartojamas įvairioms ligoms, įskaitant kai kurias vėžio formas, gydyti, gali prieštarauti amoksicilinui. Abu vaistai yra apdorojami per inkstus, kurie gali nepajėgti jų susidoroti kartu. Dėl to gali padidėti metotreksato koncentracija kraujyje, o tai gali sukelti šalutinį poveikį. Medicinos specialistai gali nerekomenduoti derinti šių dviejų vaistų, nes vaistų sąveika gali būti reikšminga. Pacientai, kurie jau vartoja metotreksatą esamai sveikatos problemai gydyti, gali aptarti galimybes ir alternatyvas, jei jiems reikia vartoti antibiotikus nuo infekcijos.
Kiti antibiotikai taip pat gali prieštarauti amoksicilinui, nes jie dažnai yra apdorojami ir per inkstus, o šie du vaistai gali perkrauti inkstų pajėgumą, todėl vieno ar kelių vaistų koncentracija gali padidėti. Pacientams taip pat gali būti nerekomenduojama derinti antibiotikų, nes tai gali prisidėti prie atsparumo vaistams išsivystymo. Taip pat žinoma, kad varfarinas, antikoaguliantas, sukelia amoksicilino sąveiką. Gali atsirasti dažnas kraujavimas ir mėlynės, nes organizmas negali pakankamai greitai pašalinti varfarino ir sutrikdo normalų krešėjimą.
Entekaviras, antivirusinis vaistas, dažniausiai naudojamas hepatito B infekcijoms gydyti, taip pat yra susijęs su amoksicilino sąveika. Hormoninė gimstamumo kontrolė gali būti ne tokia veiksminga, kai pacientai vartoja amoksiciliną, todėl rekomenduojama naudoti atsarginį metodą, kad būtų išvengta nėštumo. Svarbu ir toliau naudoti šį metodą keletą dienų po gydymo antibiotikais pabaigos, kad įsitikintumėte, jog amoksicilinas visiškai pasišalina iš organizmo, o kontracepcija vėl pradės veikti.
Kitos amoksicilino sąveikos gali būti susijusios su pagrindinėmis sveikatos būklėmis. Šis vaistas gali padidinti virškinimo trakto dirginimą pacientams, sergantiems kolitu, žarnyno uždegimu. Vartodami antibiotiką, jie gali jausti viduriavimą, pilvo spazmus ir diskomfortą. Be to, pacientams, kurių inkstų funkcija sutrikusi, ypač jei jiems reikalinga dializė inkstų nepakankamumui palaikyti, gali pasireikšti amoksicilino sąveika. Šie pacientai negali pasišalinti vaistų per normalią medžiagų apykaitą ir gali kelti sunkaus šalutinio poveikio riziką, jei dozės koreguoti nepavyks, siekiant sumažinti inkstų apkrovą.