Baziniai ganglijai yra simetriškas struktūrų rinkinys centrinėje smegenų srityje, kontroliuojantis judesį. Jie susideda iš branduolių sankaupos giliai smegenų žievės viduje. Visos išorinės smegenų dalies sensorinės ir motorinės sritys siunčia signalus, kurie nukreipiami per uodegą ir putameną bazinių ganglijų anatomijos dalyje, vadinamoje striatum. Caudate apdoroja signalus, susijusius su elgesiu ir motyvacija, o putamen apdoroja jutimo ir motorinių funkcijų modelius. Bazinių ganglijų tipo struktūros randamos žinduolių, paukščių, roplių, žuvų ir varliagyvių smegenyse.
Didžioji jutimo įvesties dalis keliauja per striatumą, kuris yra pagrindinė įvesties sritis iš kitų smegenų dalių. Dauguma nervų projekcijų yra iš motorinės ir priekinės žievės. Medialinė uodegėlė ir kita bazinių ganglijų anatomijos dalis, vadinama nucleus accumbens, renka signalus iš priekinės žievės ir limbinių smegenų sričių, todėl čia yra kontroliuojamas ryšys tarp minties ir judesio. Tarpusavio ryšys taip pat egzistuoja tarp uodegos, putamen ir substantia nigr, o išėjimas iš šių sričių veda į globus pallidus.
Yra dvi dalys, kurios sudaro globus pallidus. Motorines funkcijas valdo talamas, tačiau signalus, trukdančius šiai funkcijai, valdo ir siunčia į talamą globus pallidus externa. Antroji globus pallidus dalis, vadinama globus palidus interna, padeda kontroliuoti laikyseną per ryšį su vidurinėmis smegenimis. Signalai gaunami globus pallidus iš uodegos ir putameno, ir abi šios sritys nukreipia informaciją į subtalaminį branduolį.
Neuroniniai keliai yra tiesioginiai arba netiesioginiai. Signalų kelias iš žievės į bazinius ganglijus, į talamą ir atgal į žievę yra tiesioginis, o netiesioginis kelias veda iš žievės į striaumą, išorinį globus pallidus, subtalaminį branduolį, vidinį gaublį. pallidus, ir į talamą bei žievę. Tiesioginius kelius dopaminas sužadina, o netiesioginius slopina, sukurdamas infrastruktūrą, leidžiančią suprasti teigiamo ir neigiamo grįžtamojo ryšio modelius.
Bazinių ganglijų anatomija yra sudėtinga ir apima įvairius nervinių signalų, patenkančių į kitas smegenų dalis ir iš jų, kelius. Ir klausulas, ir migdolinis kūnas taip pat yra susiję su bendra struktūra, tačiau nekontroliuoja judėjimo. Pažeidus bet kurią bazinių ganglijų dalį, sutrinka judėjimas, pavyzdžiui, sergant Parkinsono liga, obsesiniu-kompulsiniu sutrikimu, cerebriniu paralyžiumi ir kt.