Galima bioprotezuoto širdies vožtuvo rizika gali būti mechaninė hemolizinė anemija, nepakankamumas, endokarditas ir atmetimas. Taip pat gali atsirasti krešėjimo problemų, nors tai dažniau pasitaiko naudojant mechaninius vožtuvus ir gali būti tinkamai išvengta gydant antikoaguliantais, siekiant apsaugoti pacientą. Į šią riziką galima atsižvelgti prieš rekomenduojant bioprotezinį vožtuvą pacientui, kuris gali norėti aptarti galimas galimybes su gydytoju prieš nuspręsdamas, kaip keisti širdies vožtuvą. Taip pat svarbu žinoti, kad norint stebėti širdies sveikatą ir patvirtinti, kad prietaisas veikia, būtina nuolatinė priežiūra.
Esant mechaninei hemolizinei anemijai, kraujo turbulencija, kurią sukelia bioprotezinis vožtuvas, sukelia raudonųjų kraujo kūnelių sunaikinimą. Tai gali viršyti organizmo gebėjimą gaminti naujus raudonuosius kraujo kūnelius, o tai ilgainiui lemia bendrą jų koncentracijos sumažėjimą. Pacientams, sergantiems hemolizine anemija, gali pasireikšti tokie simptomai kaip nuovargis ir galūnių pamėlimas, nes jų kūnas negauna pakankamai deguonies. Kraujo tyrimas gali atskleisti požymius, kad nėra pakankamai raudonųjų kraujo kūnelių, o jei pacientui yra pakeistas širdies vožtuvas, tai gali būti įtariama kaip kaltininkas.
Vožtuvų gedimas ypač kelia susirūpinimą naudojant bioprotezinius vožtuvus, nes jie yra mažiau patvarūs nei jų mechaniniai analogai. Laikui bėgant, vožtuvo komponentai, pagaminti iš kiaulių, galvijų, arklinių ar žmonių, gali pradėti lūžti, todėl jis nebeveikia efektyviai; po 10–15 metų pacientui gali prireikti naujo. Kai kurie gydytojai vengia bioprotezuoti širdies vožtuvus jaunesniems nei 65 metų pacientams, nes laikui bėgant pacientui gali prireikti kelių operacijų, kad būtų pakeistas vienas ar daugiau sugedusių prietaisų, o tai gali kelti nepriimtiną riziką.
Endokarditas taip pat yra galimas pavojus, nors jis yra nedidelis dėl švarios gamybos ir chirurginių metodų bei kitų kontrolės priemonių, skirtų sumažinti infekcijų tikimybę. Mechaniniai ir bioproteziniai vožtuvai paprastai veikia maždaug taip pat, kai kalbama apie endokardito išsivystymo tikimybę. Norint apsisaugoti nuo šios potencialiai pavojingos infekcijos, prieš dantų procedūras pacientams gali tekti imtis tam tikrų prevencinių veiksmų, pavyzdžiui, vartoti antibiotikus.
Galiausiai, naudojant bioprotezinį vožtuvą, yra galimybė atmesti, o tai yra mažiau problema naudojant mechanines galimybes, nes jie pagaminti iš biologiškai suderinamos medžiagos. Kūnas gali atpažinti donorinę medžiagą kaip grėsmę ir pradėti ją pulti, todėl vožtuvas sugenda. Atmetimo rizikai sumažinti gali būti naudojami vaistai, arba gydytojas gali rekomenduoti atlikti autotransplantaciją, kai bioprotezo vožtuvo medžiaga paimama tiesiai iš paciento.