C pjūvis gali būti gelbėjimo priemonė, kai kyla problemų dėl nėštumo ar gimdymo, tačiau tokio tipo operacija kelia tam tikrą pavojų kūdikiui. Dažniausios problemos, galinčios turėti įtakos cezario pjūvio kūdikiams, yra žemi Apgar testų, kuriais nustatoma naujagimio sveikata, rezultatai; pasunkėjęs kvėpavimas; ir priešlaikinis gimdymas. C pjūvio metu gydytojas padaro pjūvį motinos pilve ir gimdoje, kad pagimdytų kūdikį. Nors ir retai, operacijos metu kūdikis gali būti netyčia sužalotas.
Apgar testai paprastai atliekami du kartus naujagimiui. Pirmasis tyrimas atliekamas praėjus maždaug vienai minutei po gimimo, o antrasis – po penkių minučių. Šiame tyrime naujagimiui įvertinti naudojami penki kriterijai: kvėpavimas, širdies ritmas, odos spalva, aktyvumas ir reagavimas. Cezario pjūvio kūdikiai paprastai turi žemesnius Apgar balus nei kūdikiai, gimę per makštį.
Anestezija, skirta motinai C pjūviui, gali prasiskverbti per placentos barjerą ir gimdymo metu kūdikis gali pykti. Tai sukels mažesnį Apgar balą. Be to, cezario pjūvio kūdikiams, mieguistams nuo anestezijos, gali būti sunku nemiegoti, kad pradėtų žindyti. Tai gali atitolinti pieno gamybą ir atidėti mamos ir kūdikio ryšį.
Gimdymas per makštį stimuliuoja kūdikį, o kūdikiai po cezario pjūvio tokio stimuliavimo negauna. Šis stimuliacijos trūkumas gali padėti sumažinti Apgar balus kūdikiams po cezario pjūvio. Tai taip pat gali sukelti kvėpavimo problemų.
Gimdymo per makštį metu kūdikio kūnas suspaudžiamas. Šis suspaudimas yra naudingas kūdikiui, nes padeda pašalinti skysčius iš plaučių. Cezario pjūvio kūdikiai turi visiškai kitokią gimdymo patirtį ir negauna tokio suspaudimo. Tačiau tai nereiškia, kad visiems cezario pjūvio kūdikiams bus sunku kvėpuoti. Kūdikiams, gimusiems tik iki 39 nėštumo savaitės, paprastai būna sunku kvėpuoti.
Kita problema, kurią gali patirti cezario pjūvio kūdikiai, yra priešlaikinis gimdymas. Nėščios moters gimdymo data yra apytikslė ir negali būti tiksliai nustatyta. Per anksti pagimdyti kūdikiai dažniau serga astma ir turi kitų kvėpavimo sunkumų nei kūdikiai, gimę per makštį.
Kai kurios moterys pasirenka pasirenkamąjį C pjūvį dėl tuštybės, baimindamosi, kad normaliai gimus per makštį, jų makštis išsitemps. Cezario pjūvio kūdikius galima pjauti skalpeliu C pjūvio metu. Kai nėščia moteris ir vaisius yra sveiki, gimdymas per makštį visada yra geresnis nei cezario pjūvis ir gali padėti kūdikiui sveikiau pradėti gyvenimą.