Galimas skaidrumo trūkumas yra finansų įstaigų rizika. Didžioji dalis pasaulinių kapitalo rinkų tam tikru momentu juda per finansų institucijas, įskaitant investicinius bankus ir pinigų valdymo įmones, tokias kaip rizikos draudimo fondai ir investiciniai fondai. Didesnis reguliavimas tam tikrose finansinių paslaugų srityse sumažina bankų ir rinkų patiriamos rizikos lygį. Jei bankas yra toks didelis ir toks įtakingas, kad jo žlugimas turėtų neigiamą poveikį ekonomikai, tokio pobūdžio finansų įstaigų rizika yra didelė. Galimas netinkamas dalijimasis jautria informacija yra dar vienas rizikos veiksnys, susijęs su finansų įmonėmis.
Finansų institucijos sukuria daugybę sudėtingų priemonių, kurios kasdien perkamos ir parduodamos rinkose. Vertybiniais popieriais, pavyzdžiui, kredito išvestinėmis finansinėmis priemonėmis, dažnai prekiaujama siekiant apsaugoti kitas pozicijas ir užsidirbti pinigų ne tik klientams, bet ir pačiam bankui. Atsižvelgiant į tai, kad bankas gali investuoti pinigus iš savo balanso, kad padidintų įmonės gaunamą pelną, finansų įstaigose rizika didėja dėl galimų blogų sandorių ar netikėtų nuostolių. Dėl šių trūkumų gali sumažėti pajamos, o tai tampa akivaizdu balanse – įstaigos finansinės būklės atspindys.
Kita finansų įstaigų rizika yra susijusi su galimybe persidengti įmonėje. Kai kurie bankai yra tokie dideli, kad atlieka įvairias funkcijas – nuo finansinės analizės iki investicinės bankininkystės. Etikos ribos gali būti lengvai neryškios, kai įmonė gali gauti naudos su klientu, pavyzdžiui, remdamasi tuo, kaip viešieji investuotojai elgiasi su akcijomis. Reguliavimas ir pramonės praktika, pvz., kinų siena, išsivystė taip, kad šie vaidmenys būtų atskirti, kad būtų mažesnė tendencija arba tikimybė, kad atsiras kokių nors netinkamų dalykų.
Yra būdų, kaip finansų įstaigos gali sumažinti įmonės ir visos ekonomikos riziką. Pavyzdžiui, kai kurios finansų įstaigos yra tokios didelės ir atlieka tokią didelę finansinių operacijų apimtį, kad bet koks bankrotas ar kitoks žlugimas gali kelti sisteminę riziką ekonomikai. Regioninis reguliavimas, reikalaujantis skaidrumo bankų ir kitų finansų įmonių vykdomų operacijų ir taikomų strategijų atžvilgiu, skatina mažesnį rizikos laipsnį. Be to, kuo daugiau aukščiausio lygio vadovai, pavyzdžiui, vyriausiasis finansų pareigūnas, ir rizikos specialistai, pavyzdžiui, vyriausiasis atitikties pareigūnas, bendrauja ir koordinuoja tikslus, tuo didesnė tikimybė, kad finansų įstaigų rizika sumažės.