Pagrindinė pagumburio funkcija yra susieti endokrininę sistemą su autonomine nervų sistema, siekiant palaikyti homeostazės būklę organizme. Nedidelė struktūra, esanti virš smegenų kamieno, pagumburis turi sudėtingą įėjimų ir išėjimų sistemą. Tai leidžia greitai reaguoti į besikeičiančias sąlygas ir užtikrinti, kad kūnas atitinkamai prisitaikytų. Tarp daugelio užduočių yra pagrindinės funkcijos, tokios kaip miego ciklai, alkio ar troškulio jausmas ir kūno temperatūros reguliavimas. Ji taip pat kontroliuoja daugelį reprodukcinės sistemos aspektų ir yra emocijų vieta.
Išskirdamas specialius neurohormonus, pagumburis kontroliuoja hipofizę, pagrindinę endokrininės sistemos liauką. Šie cheminiai signalai suaktyvina įvairias hipofizės funkcijas, kai pagumburis nujaučia, kad tai būtina. Savo ruožtu hipofizė į kraują išskiria kitus hormonus. Šie hormonai kontroliuoja kitas endokrinines liaukas ir daugybę medžiagų apykaitos funkcijų organizme. Pagumburio funkcija kontroliuojant alkį ir troškulį, seksualinę veiklą ir augimą atliekama per šią sistemą.
Nors veikimo mechanizmas nėra visiškai suprantamas, pagumburis kontroliuoja apetitą ir palaiko stabilų kūno svorį. Jis gauna jutimo duomenis, įskaitant kvapą, skonį ir skrandžio pilnumą. Remiantis šiais signalais, jis sukelia alkio ar sotumo jausmą. Ši pagumburio funkcija laikoma svarbia norint suprasti svorio metimo programų sėkmę ar nesėkmę. Pagumburio-hipofizės-antinksčių ašies sutrikimai gali turėti įtakos kai kuriems valgymo sutrikimams.
Nors pagumburis siunčia cheminius signalus į endokrininę sistemą, jis siunčia neuroninius signalus į autonominę nervų sistemą. Per savo ryšį su autonomine nervų sistema pagumburis kontroliuoja pulso dažnį, kraujospūdį, kvėpavimą ir virškinimą. Jis renka jutimo duomenis iš vidaus organų, odos, akių, kraujagyslių ir kitur. Pagumburis visą šią informaciją interpretuoja nuolat, siųsdamas nervinius signalus, kurie prireikus aktyvuoja simpatinę ir parasimpatinę autonominės nervų sistemos sistemas. Pagrindinis tikslas yra išlaikyti homeostazės būklę organizme.
Traumos, infekcijos, genetiniai sutrikimai ir kitos sąlygos gali pakeisti pagumburio funkciją. Tai gali sukelti daugybę sudėtingų sistemų, kontroliuojančių endokrinines liaukas ir autonominę nervų sistemą, sutrikimų. Vaikams disfunkcija gali sukelti pernelyg didelį arba sutrikusią augimą ir per anksti arba per vėlai prasidėti brendimą. Skydliaukė arba antinksčiai gali būti pernelyg aktyvūs arba nepakankamai aktyvūs, o tai gali turėti įtakos daugeliui medžiagų apykaitos procesų. Gali atsirasti valgymo sutrikimų, per didelis troškulys ar šlapinimasis.
Emocinės ir susijusios fizinės problemos gali pasireikšti, jei pagumburis yra sutrikęs. Nesugebėjimas tiksliai interpretuoti ir reaguoti į jutimo įvestį gali sukelti depresiją, miego sutrikimus arba hiperaktyvumą. Kadangi pagumburis vaidina svarbų vaidmenį emocijose ir elgesyje, taip pat autonominėje nervų sistemoje, bet koks funkcijos praradimas gali pakeisti tai, kaip žmogus reaguoja į stresą. Manoma, kad imuninės sistemos veikla taip pat yra susijusi su pagumburiu. Dėl to šios struktūros pažeidimas gali sukelti netinkamą imuninį atsaką.