Dažniausia pakaitinės hormonų terapijos rizika yra širdies priepuolis ir insultas. Moterims, kurioms taikoma pakaitinė hormonų terapija (HRT), taip pat kyla didesnė rizika susirgti tam tikromis vėžio rūšimis, įskaitant krūties vėžį. Hormonų terapijos pakaitinė rizika taip pat apima kraujo krešulius. Kepenų liga gali būti dar viena PHT rizika.
Moterims menopauzės metu gali pasireikšti karščio bangos, nuotaikos svyravimai arba makšties sausumas dėl sumažėjusios hormonų gamybos. Kai kiti gydymo metodai neduoda rezultatų, kai kurios moterys pasirenka pakaitinę hormonų terapiją. Tačiau daugelis gydytojų atsargiai skiria šį gydymo kursą dėl pakaitinės hormonų terapijos rizikos.
Buvo pranešta apie rimtas komplikacijas moterims, kurioms taikoma pakaitinė hormonų terapija. Moterims, vartojančioms šį gydymą, dažniausiai skiriami estrogenai ir progestinas. Tyrimai rodo, kad vartojant šiuos hormonus padidėja širdies ligų ar širdies priepuolio rizika. Daugelis moterų, dalyvavusių 2002 m. tyrime, vartodamos šiuos papildus patyrė rimtų šalutinių poveikių.
Be padidėjusios krūties vėžio rizikos, pakaitinė hormonų terapija taip pat apima didesnį gimdos vėžio dažnį. Tyrimai parodė, kad moterims, vartojančioms estrogeno, progestino arba abiejų dozes, gali būti didesnė rizika susirgti endometriumo vėžiu. Ši rizika žymiai padidėja, kai moteris vartoja tik estrogeną. Padidėjusi kiaušidžių vėžio rizika taip pat susijusi su hormonų papildų vartojimu.
Yra ir kitų, ne tokių sunkių reakcijų, susijusių su hormonų papildų vartojimu. Kitas šalutinis poveikis yra virškinimo sutrikimai ir rėmuo. Kita įprasta hormonų terapijos pakaitinė rizika yra pykinimas ir vėmimas. Kai kurios moterys taip pat pranešė apie šalutinį poveikį, pvz., migrenos galvos skausmą ir kraujavimą iš makšties vartojant hormonų papildų.
Emociniai sutrikimai taip pat buvo įprasti pakaitinės hormonų terapijos rizika. Tačiau apie juos pranešama ne taip dažnai, kaip apie kitus šalutinius poveikius. Kai kurie sutrikimai yra miego sutrikimas, dirglumas ir nuotaikų kaita. Kai kurios moterys taip pat pranešė apie keistus sapnus ar košmarus patiriančios pakaitinę hormonų terapiją.
Kita dažna pakaitinės hormonų terapijos rizika gali būti spuogai ir nedidelis odos sudirginimas. Įvairūs PHT šalutiniai poveikiai taip pat gali būti sumažėjęs apetitas arba staigus svorio kritimas. Svorio padidėjimas gali būti kitas PHT šalutinis poveikis. Dusulys ar švokštimas taip pat gali būti su PHT susijęs šalutinis poveikis. Kitas PHT šalutinis poveikis kvėpavimo takams gali būti sausas kosulys arba spaudimo jausmas krūtinėje.