Minesota yra viena iš šiauriausių valstijų JAV Vidurio Vakarų regione. 32 m. ji buvo pripažinta 1858-ąja valstija. Nors Minesota valstijos antspaudą patvirtino 1861 m., Minesotos valstijos vėliavos nebuvo iki 1893 m. Panašu, kad postūmis sukurti valstybės vėliavą buvo būsima 1893 m. Pasaulio Kolumbijos paroda, kuri buvo vyks Čikagoje, Ilinojaus valstijoje, JAV. Visų JAV valstijų, kurių tuomet buvo vos 44, buvo paprašyta pristatyti ir eksponuoti savo valstiją ekspozicijoje, o Minesota atsidūrė be valstybės vėliavos.
Minesotos įstatymų leidžiamoji valdžia paskyrė komisiją, kuri rėmė vėliavos dizaino konkursą, atvirą valstijos gyventojams. Laimėjusį darbą pateikė Mineapolio gyventoja Amelia Hyde Center, o valstybės antspaudas buvo naudojamas kaip pagrindinė vėliavos emblema. „Hyde“ vėliavos dizainas apėmė skirtingas spalvas – mėlyną ir baltą &mddash; kiekvienoje pusėje.
Minesotos valstijos ruonyje pavaizduotas ūkininkas, ariantis savo lauką, esantį šalia upelio ir nedidelio krioklio. Netoliese yra atviras žalias laukas, o saulė teka ant kalvų ir tolumoje medžių. Ūkininko šautuvas remiasi į medžio kelmą už nugaros. Jis žiūri, kaip indėnas važiuoja laikydamas ietį, ir žiūri į jį. Antspaudo juostelėje parašyta „L’Étoile Du Nord“, prancūziškai reiškia „Šiaurinė žvaigždė“.
Pirmojoje Minesotos valstijos vėliavoje aplink antspaudą buvo nurodytos trys svarbios istorinės datos: 1819, 1858 ir 1893. 1819 m. buvo įkurtas Fort Snelling, svarbus karinis forpostas, skirtas naujakurių apsaugai. 1858-ieji žymi Minesotos priėmimą į valstybingumą, o 1893-ieji yra vėliavos dizaino metai.
Ruonis vainikuotas baltais mokasinų žiedais mėlyname lauke. Iš po antspaudo teka dvi juostelės ir įrėmina valstybės pavadinimą. Aplink antspaudą 19 žvaigždžių mažose grupėse sudaro penkis didesnės žvaigždės taškus. Didžiausia vėliavos žvaigždė simbolizuoja Minesotą. Vėliavos dizainą ant šilko pasiuvo dvi Norvegijos imigrantės seserys Thomane ir Pauline Fjelde, o Minesotos valstijos vėliava ekspozicijoje buvo apdovanota aukso medaliu už siuvinėjimą.
Pradinis centro dizainas buvo šiek tiek pakeistas. 1957 m. įstatymų leidėjas Minesotos valstijos vėliavą pakeitė į vienpusę vėliavą, daugiausia remdamasi gamybos ir sąnaudų sumetimais. Pietų Dakotos įstatymų leidžiamoji valdžia 1963 m. priėmė panašų sprendimą dėl savo valstijos dvipusės vėliavos dėl tų pačių priežasčių. Per 1957 m. pokyčius rožinės ir baltos moteriškos šlepetės gėlės, kilusios iš Minesotos, pakeitė baltas mokasinų gėles vainike, supančiame valstijos antspaudą.