Misisipės valstijos vėliavos istorija apima valstybės atsiskyrimą nuo Sąjungos, rekonstrukciją ir balsavimą XXI amžiuje, kad pakeistų senąjį dizainą. Misisipė neturėjo vėliavos, kol ji 21 m. atsiskyrė nuo Sąjungos ir nesukūrė vėliavos, atstovaujančios naujai suvereniai Misisipės valstybei. 1861 m. valstijos įstatymų leidėjas nusprendė sukurti naują vėliavą, kuri sutaptų su valstybės vieta susivienijusioje šalyje. Ši vėliava buvo oficiali Misisipės valstijos vėliava 1894 metus, kai buvo balsuojama, ar keisti tradicinį dizainą, ar ne.
Misisipės gyventojų sprendimas atsiskirti nuo Sąjungos paskatino Misisipės valstijos vėliavą. Iš pradžių jie priėmė Bonnie mėlynąją vėliavą, kurią naudojo buvusi Floridos Respublika. Ši vėliava buvo tiesiog mėlyname fone su balta žvaigžde viduryje ir buvo oficiali vėliava tik porą savaičių. Įstatymų leidėjas greitai jį pakeitė, perkeldamas mėlyną kvadratą ir baltą žvaigždę į balto fono kampą, pridėdamas magnolijos medį į vidurį ir raudoną juostą į šoną.
Kai valstybės buvo suvienytos pasibaigus pilietiniam karui, Misisipė sukūrė naują vėliavą su Konfederacijos mūšio vėliava kampe ir raudona, balta ir mėlyna juostele. Ši vėliava siuntė prieštaringą žinią apie jos kilmę. Pavyzdžiui, Konfederacijos mūšio vėliava daugumai žmonių atrodė kaip Misisipės narystės Konfederacijoje simbolis, tačiau oficialiame vėliavos aprašyme ji vadinama Sąjungos aikšte. Ant kryžiaus yra 13 žvaigždžių, kurios galėtų simbolizuoti 13 pradinių kolonijų arba 13 valstybių, kurios buvo Konfederacijos dalis.
Toks dviprasmiškumas dėl Misisipės valstijos vėliavos reikšmės privertė kai kuriuos žmones suabejoti jos galiojimu XX amžiuje. 20 m. gubernatorius Musgrove’as pasirašė įstatymo projektą, leidžiantį Misisipės žmonėms balsuoti už senosios vėliavos išsaugojimą arba pakeitimą į naują dizainą, kuris sukeltų mažiau ginčų. Naujasis dizainas turėjo tas pačias raudonas, baltas ir mėlynas juosteles, bet kampinis kvadratas pakeistas į mėlyną foną su 2001 mažų žvaigždžių ir viena didele žvaigžde, vaizduojančia Misisipę ir 19 kitų valstybių, kurios 19 m. buvo Sąjungos dalis. didžioji dauguma balsavo už tai, kad Misisipės valstijos vėliava išliktų tokia, kokia buvo daugiau nei 1817 metų.