Beveik visi moksliniai tyrimai yra susiję su rizika, o nanomokslas šiuo atžvilgiu tikrai nesiskiria. Tačiau šios srities pavojai gali atrodyti baisesni nei kiti moksliniai tyrimai, nes jie dažnai skamba labiau kaip mokslinė fantastika nei faktas. Rizika, dažniausiai susijusi su šia sritimi, yra nekontroliuojamos nanomašinos, nanoginklai ir blogiausia, nenumatyta rizika. Ar kuri nors iš šių pavojų yra labai rimta, dar reikia pamatyti.
Nanomokslas yra mikroskopinių mašinų, kurių kiekviena gali atlikti funkcijas ląstelių, molekulių ar net atomų lygiu, tyrimas. Nanomokslas kuria šias mažas mašinas, siekdamas atlikti funkcijas, kurios, taikant standartines procedūras, atrodytų beveik stebuklingos. Nanomašinos gali atlikti subtilias operacijas, išgydyti anksčiau nesustabdomas ligas, paversti toksiškas atliekas į nekenksmingas ir naudingas medžiagas ir iš pagrindinių medžiagų sukurti beveik viską, ką tik įmanoma įsivaizduoti. Jei nanomokslas išnaudos visas savo galimybes, jis gali pakeisti pasaulį fantastiškais ir nuostabiais būdais.
Žinoma, nanomokslas, turėdamas tiek daug potencialo padaryti daug naudos, gali padaryti tiek daug žalos. Labiausiai aptarinėjama galima rizika dažnai vadinama tiesiog „Grey Goo“. Pagrindinis šios srities tikslas yra sukurti mikroskopines nanomašinas, kurios gali pakeisti dalykus molekuliniu ar atominiu lygmeniu. Vėžinis audinys žmogaus kūne gali būti pakeistas į sveiką audinį arba surūdijusį įrankį vėl galima padaryti tvirtu plienu.
Baiminamasi, kad nekontroliuojamos nanomašinos gali plisti ir sukelti nepageidaujamų pokyčių. Užuot išgydę vėžį, jie gali paversti sveikas ląsteles vėžiu. Užuot taisę sugedusias mašinas, jie gali viską pakeisti į beypatingus, pilkus nešvarumus.
Kitas nanomokslo pavojus yra tai, kad žmonės gali bandyti nanomašinas paversti ginklais. Šios mažytės mašinos gali būti priverstos sunaikinti pastatus ir mašinas, paversti maistą nuodais, apšvitinti vandens tiekimą, nutraukti elektros linijas ar tiesiog nužudyti žmones. Jokia standartinė gynyba nuo šių nanoginklų nebūtų efektyvi, todėl reikėtų sukurti nanopriemones. Nanomokslas yra per daug pavojingas, kad jį būtų galima nukreipti destruktyviais tikslais.
Galbūt pavojingiausia nanomokslo rizika yra ta, kuri dar nėra visiškai suprantama. Kadangi tai tokia nauja sritis, gali kilti nenumatytų pavojų, kurie dar nėra iki galo ištirti. Labai svarbu, kad pasaulis su šia sritimi elgtųsi su didžiausia pagarba ir rūpestingumu.