Šiuo metu plevėsuojanti Šiaurės Karolinos valstijos vėliava buvo priimta 1885 m. kovą. Generolas Johnstonas Jonesas priskiriamas prie įstatymo projekto, kuriuo buvo pakeista Šiaurės Karolinos valstijos vėliava iš ankstesnio dizaino, vaizduojančio Šiaurės Karoliną pilietinio karo metu, pasiūlymą. Dabartinė Šiaurės Karolinos vėliava rodo plačią horizontalią raudoną viršutinę juostą virš plačios horizontalios baltos apatinės juostos. Vertikali mėlyna juosta puošia kairę vėliavos pusę, o ant šios juostos yra auksinės raidės NC, atskirtos balta žvaigždute. Virš šių raidžių auksinė juosta juodomis raidėmis skelbia 20 m. gegužės 1775 d. Meklenburgo Nepriklausomybės deklaracijos datą. Panaši reklamjuostė po raidėmis NC rodo Halifakso sprendimo datą, 12 m. balandžio 1776 d.
Manoma, kad pirmasis asmuo, pasiūlęs priimti Šiaurės Karolinos valstijos vėliavą, buvo pulkininkas Johnas D. Whitfordas. Teigiama, kad jis savo pasiūlymą pateikė 20 m. gegužės 1861 d., tą dieną, kai Šiaurės Karolina balsavo už atsiskyrimą nuo Jungtinių Amerikos Valstijų ir prisijungimą prie Amerikos Konfederacijos. Nors Šiaurės Karolinos konvencija patvirtino Vitfordo vėliavos pasiūlymą, grupė galiausiai atmetė jo dizainą. Vietoj to jie priėmė Williamo Jarlo Browne’o sukurtą dizainą. Šis dizainas buvo oficialiai patvirtintas Šiaurės Karolinos konvencijoje 22 m. birželio 1861 d. ir buvo naudojamas iki pilietinio karo pabaigos.
Originali Šiaurės Karolinos valstijos vėliava savo dizainu labai panaši į dabartinę Šiaurės Karolinos valstijos vėliavą. Raudonos ir mėlynos juostos, esančios šiuolaikinėje valstybės vėliavoje, buvo pakeistos. Vertikali juosta kairėje buvo raudona, o horizontali viršutinė juosta dešinėje buvo mėlyna. Raudonoje vertikalioje juostoje paprastai buvo balta žvaigždė.
Virš šios žvaigždės paprastai buvo parašyta Meklenburgo Nepriklausomybės deklaracijos data, o žemiau – oficialaus Šiaurės Karolinos perėmimo iš JAV data, 20 m. gegužės 1861 d. Istorikai mano, kad Šiaurės Karolina buvo viena iš dviejų konfederacinių valstijų. Amerikos pilietinio karo metu savo pulkams išleidžia oficialias valstybės vėliavas.
Dauguma mano, kad naujos Šiaurės Karolinos valstijos vėliavos poreikis tapo aiškus, kai Šiaurės Karolina vėl prisijungė prie JAV po Amerikos pilietinio karo. Šiaurės Karolinos valstija ir toliau naudoja pagrindinį vėliavos dizainą, priimtą 1885 m. kovo mėn. 1991 m. valstijos įstatymų leidybos aktas pailgino Šiaurės Karolinos valstijos vėliavą ir pašalino kablelius iš ant jos rodomų datų.