Įprasta cistoskopijos procedūra atliekama vyrų ir moterų šlapimo pūslei ištirti. Tai atliekama ambulatoriškai, o dauguma žmonių gali grįžti namo per vieną ar keturias valandas po egzamino. Anestetikas paprastai skiriamas prieš tyrimą, siekiant pašalinti bet kokį galimą skausmą ar diskomfortą.
Prieš procedūrą asmens bus paprašyta atvykti likus valandai iki susitikimo ir paimti šlapimo mėginį. Nurodyta į tyrimo kambarį, pacientė nusirengia drabužius, apsivelka audeklu arba popierine chalatu ir atsiguls ant tyrimo stalo arba surištomis kojomis, priklausomai nuo naudojamo instrumento. Tada urologas uždengs paklodę ant apatinės paciento kūno dalies, išvalys lytinių organų sritį, paprašys paciento atsipalaiduoti ir atliks vietinę, bendrąją arba spinalinę anesteziją, kad sumažintų skausmą ir diskomfortą.
Cistoskopijos procedūros metu urologas į šlaplę įdės apšviestą cistoskopą, kuris yra ilgas, plonas rankinis instrumentas su įtaisytu fotoaparato objektyvu, kuris gali būti lankstus arba standus. Instrumentui judant per šlaplės ilgį, gali būti jaučiamas nedidelis perštėjimo ar deginimo pojūtis. Jei šlaplė yra per siaura, kad cistoskopas galėtų praeiti, į tuščiavidurį cistoskopo tarpą galima įterpti keletą mažų chirurginių įrankių, kad šlaplės skersmuo iš lėto padidėtų.
Urologas tęs cistoskopą tol, kol pasieks šlapimo pūslę. Sterilus skystis gali būti lėtai įpilamas į šlapimo pūslę per tuščią cistoskopo erdvę. Į šlapimo pūslę įpylus skysčio, šlapimo pūslės sienelės išsiplės, todėl urologas galės aiškiai matyti vidinę organo struktūrą. Padidėjusi šlapimo pūslė paprastai sukelia labai nemalonų norą šlapintis, kuris trunka visą likusį tyrimą. Jei planuojama biopsija ar stento pašalinimas, urologas tai atliks šiuo metu.
Ištyrus apatinius šlapimo takus, urologas švelniai ištrauks cistoskopą iš šlaplės. Nuėmus instrumentą gali atsirasti diskomfortas. Tada genitalijų sritis nuvaloma nuo likusio skysčio ar tepalo, panaudoto tyrimo metu.
Priklausomai nuo anestetiko, naudojamo cistoskopijos procedūros metu, laikas, kurį pacientas turės stebėti po procedūros, skiriasi. Jei buvo naudojamas vietinis anestetikas, pacientas galės apsirengti ir netrukus po apsirengimo išeiti. Kai atliekant cistoskopijos procedūrą naudojamas bendrasis arba spinalinis anestetikas, po tyrimo ji turės likti stebėti vieną ar keturias valandas. Po bendrosios ar spinalinės anestezijos ją namo parvežti turės kitas asmuo.