Mokyklos, kaip ir daugelis kitų organizacijų, dažniausiai vadovaujasi standartinėmis organizacinėmis struktūromis. Jie turi tam tikrą hierarchiją ir aiškias ribas, pagal kurias darbuotojai ar skyriai yra atsakingi už įvairias užduotis, susijusias su mokyklos veikla. Kaip ir įmonėse ir ne pelno organizacijose, mokyklos organizacinė struktūra nusako, kas kam atsiskaito ir už ką atsakingas. Mokyklose paprastai dirba administratoriai, atsakingi už visos mokyklos veiklą ir priežiūrą, ir įvairių dalykų mokytojai, suskirstyti į komandas pagal klasių lygius arba akademines dalykų sritis. Jie taip pat turi biuro darbuotojų ir pagalbinio personalo, kuris atlieka įvairias mokyklos veiklai reikalingas funkcijas.
Mokyklos organizacinėje struktūroje dažnai dalyvauja administracijos nariai, licencijuoti ir nelicencijuoti pagalbiniai darbuotojai bei mokytojai. Administraciją dažnai sudaro direktorius, atsakingas už visą mokyklą, ir vienas ar keli direktoriaus padėjėjai. Administratoriai prižiūri mokinius ir mokytojus ir priima sprendimus visoje mokykloje, kartais pasikonsultavę su mokytojais ir kitais darbuotojais. Mokyklos administracinė komanda yra atsakinga už mokyklos taisyklių ir rajono lygmens politikos, taisyklių ir procedūrų sudarymą bei vykdymą. Administratoriai taip pat yra įpareigoti užtikrinti, kad mokytojai veiksmingai mokytų studentus reikiamos mokymo programos.
Pradinėse ir vidurinėse mokyklose mokytojai paprastai skirstomi į grupes pagal mokinių klasių lygį, nors vidurinių mokyklų mokytojai taip pat gali būti suskirstyti į komandas pagal pagrindines akademines sritis, tokias kaip kalbų menas, matematika, gamtos mokslai ir socialiniai mokslai. Vidurinių mokyklų mokytojai paprastai dirba akademiniuose skyriuose, pagrįstuose akademinių dalykų sritimis pagrindinėse srityse, taip pat skyriuose, pavyzdžiui, verslo, užsienio kalbų ir karjeros srityse. Mokytojų komandos ar skyriai dažnai planuoja atskirai ir kartu, siekdami užtikrinti, kad jie visi mokytų reikiamos mokymo programos ir aptarnautų savo mokinius pagal savo galimybes. Skyriaus vadovai arba vadovaujantys mokytojai paprastai yra atsakingi už savo komandą ar skyrių ir yra ryšiai su mokyklos administratoriais ir vadovaujančiu mokytoju arba mokymo programos vykdytoju, jei toks yra.
Mokyklose paprastai dirba pagalbiniai darbuotojai, atsakingi už įvairius skyrius ir pagrindines užduotis. Biuro darbuotojai yra atsakingi už lankytojų aptarnavimą, įeinančius skambučius ir užduotis, tokias kaip kasdienis lankymas, taip pat mokytojų ir mokinių poreikių tenkinimą. Orientavimo skyrius konsultuoja studentus, yra atsakingas už standartizuotą testavimą ir informacijos apie karjerą, sveikatą ir saugą sklaidą. Pusryčius ir pietus studentams parūpina kavinės darbuotojai. Sargų ir priežiūros darbuotojai taip pat yra neatsiejama daugumos mokyklų dalis.
Be mokyklos lygmens organizacijos, mokyklos organizacinėje struktūroje paprastai dalyvauja administratoriai ir kiti darbuotojai, dirbantys mokyklos rajono lygmeniu. Dažnai už visą mokyklų sistemą yra atsakingas rajono direktorius arba viršininkas, kartu su kitais rajono lygio darbuotojais. Superintendentas ir mokyklos rajono personalas paprastai dirba kartu su mokyklos taryba. Mokyklų sistemos paprastai yra valstijos arba provincijos lygio mokyklų, turinčių valstijos ar provincijos prižiūrėtoją, dalis; daugelis šalių taip pat turi mokyklų vadovus nacionaliniu lygiu. Mokyklos organizacinė struktūra priklauso nuo jos vietos ir nuo to, ar ji yra valstybinė, privati ar nepriklausoma.