Reklamos agentūros organizacinė struktūra priklauso nuo įvairių veiksnių, tokių kaip įmonės dydis, įmonėje dirbančių žmonių skaičius, įmonės įsigytų sąskaitų kiekis ir vertė. Daugumos parduotuvių prezidentas ir generalinis direktorius (CEO) yra aukščiausioje pakopoje. Po prezidento skyriai veikia pagal vienodos svarbos šoninę schemą, nes visi skyriai yra vienas nuo kito priklausomi. Šie skyriai yra atskirti nuo keturių iki penkių skirtingų reklamos verslo aspektų, įskaitant kūrybinius skyrius ir paskyros valdytojus.
Prezidentas arba generalinis direktorius paprastai yra aukščiausiame organizacinės struktūros lygyje. Jis yra atsakingas už kasdienės agentūros veiklos valdymą ir finansų paskirstymą. Be to, šis asmuo padeda tvarkyti paskyrą, rinkodarą ir reklamos strategijas.
Generaliniam direktoriui vadovauja sąskaitų valdytojai, kūrybinis skyrius, žiniasklaidos pirkėjai ir srauto ar gamybos valdymas. Sąskaitų valdytojai yra atsakingi už naujo verslo įtraukimą į agentūrą. Sukūrus paskyrą, paskyros valdytojas ir klientas susitaria dėl rinkodaros ir reklamos tikslų. Sąskaitų vadybininkai nustato biudžetą ir projekto įvykdymo terminą.
Tekstų autoriai ir meno vadovai dirba kūrybiniame skyriuje ir abu glaudžiai bendradarbiauja kurdami patrauklias ir įsimintinas reklamos kampanijas. Jie imasi nurodymų iš sąskaitų valdytojų, kad patenkintų kliento poreikius. Kūrybinė komanda yra atsakinga už idėjų, iš kurių gali pasirinkti paskyros valdytojai, pristatymą. Kartu su sąskaitų vadybininkais jie sudaro gamybos biudžetą siūlomoms reklamos idėjoms ir dalyvauja klientų pristatymuose.
Vienas iš svarbiausių padalinių reklamos agentūroje yra žiniasklaidos pirkėjai ir gamybos valdymo komanda. Žiniasklaidos pirkėjai užtikrina geriausius skelbimų talpinimo spaudoje, žiniasklaidoje ar internete įkainius ir lemia reklamos sėkmę. Gamybos valdymo komanda yra atsakinga už tai, kad visi padaliniai atitiktų kliento ir sąskaitų vadybininkų nustatytas biudžeto gaires. Jie užtikrina, kad kiekvienas padalinys laikosi terminų, ir patikrina baigtų skelbimų tikslumą. Be to, gamybos valdymo komanda yra atsakinga už visas biuro administracines pareigas.
Reklamos agentūros organizacinėje struktūroje yra trečioji pakopa, kurią sudaro pagalbiniai darbuotojai, kurie yra atsakingi už pagalbą bet kuriam pagrindiniam kitų skyrių darbuotojui. Kiekvienas skyrius turi savo specializuotus pagalbos žmones, kurie atlieka tam tikras užduotis ir padeda vykdyti sėkmingas reklamos kampanijas.