Yra įvairių žarnyno operacijos pavojų, apie kuriuos pacientai turėtų žinoti prieš atlikdami bet kokią procedūrą. Kaip ir bet kurios operacijos metu, retais atvejais gali atsirasti kraujo krešulių, randų, širdies priepuolio ar kvėpavimo sutrikimų. Su žarnyno chirurgija susijusi rizika yra žarnyno nepraeinamumas arba perforacija, vidinis kraujavimas, žarnyno paralyžius, žarnyno nutekėjimas arba kitų aplinkinių organų sistemų pažeidimas.
Kai kuriems asmenims gali būti didesnė žarnyno operacijos rizika. Tie, kurių bendra sveikata operacijos metu yra prastos, gali turėti didesnę riziką susirgti širdies priepuoliu ar infekcija. Žarnos, kurios buvo pažeistos dėl ligos ar sužalojimo, taip pat gali patirti didesnį piktnaudžiavimą operacijos metu. Šią galimą riziką reikia nuodugniai aptarti su pacientais, o prastos sveikatos turintys asmenys turi būti kiek įmanoma sveikesni prieš operaciją, kad būtų užtikrinta didžiausia sėkmės tikimybė.
Norint išvengti žarnyno operacijos pavojaus, prieš operaciją turi būti stabilizuojami tie, kurie turi rimtų sveikatos sutrikimų. Pacientus taip pat reikės atidžiai stebėti kelias dienas po operacijos, kad būtų galima nedelsiant imtis komplikacijų, jei jos kiltų. Infekcija paprastai gali būti sutrukdyta vartojant antibiotikus į veną prieš jai pasireiškiant arba kai tik atsiranda pirmieji simptomai.
Rimtesnę žarnyno operacijos riziką, pvz., kraujavimą iš žarnyno ar nutekėjimą, gali tekti pašalinti atliekant antrą operaciją, kad būtų pašalinta žala. Dėl to pacientui gali kilti dar didesnė rizika, tačiau prireikus tai yra geriausias pasirinkimas.
Dėl šių priežasčių pacientai turėtų būti operuojami tik esant būtinybei. Daugelį ligų ir traumų galima išgydyti naudojant mažiau invazinius metodus, o tai padeda išvengti bet kokios žarnyno operacijos rizikos. Kai tai neįmanoma, pacientai turi būti kuo geriau pasiruošę operacijai, kad jie įgytų geriausią įmanomą formą, kad būtų išvengta galimų komplikacijų.
Šalutinis poveikis, kuris gali atsirasti, jei kiltų žarnyno operacijos rizika, yra ilgalaikis širdies ar žarnyno pažeidimas, šokas, sepsis ar net mirtis. Problemų sunkumas ir asmens sveikata gali turėti įtakos komplikacijų pašalinimui. Ilgalaikė žala yra gana reta, o dauguma pacientų atlieka žarnyno operaciją be rimtos žalos. Dauguma pasireiškusių šalutinių poveikių yra lengvi arba vidutinio sunkumo ir gali būti gydomi paeiliui.