Liemeninė šaknis, dar vadinama „jugmenine šaknimi“, yra didelė, stora šaknis, kuri paprastai auga tiesiai nuo augalo, kad surinktų vandenį ir mineralus iš gilių dirvožemio sluoksnių. Daugeliu atvejų mažos pluoštinės iškyšos išauga horizontaliai į išorę nuo didžiosios šaknies šaknies. Daugelis įprastų augalų rūšių turi šaknis, įskaitant kiaulpienes, morkas, ropes ir kai kurių rūšių medžius. Priešingai nei šaknys, pluoštinės šaknų sistemos susideda iš daugybės mažų šakojančių šaknų, kurios auga į išorę nuo augalo ir nesileidžia giliai į žemę. Žolė, dobilai ir medetkos yra įprasti augalų su pluoštinėmis šaknų sistemomis pavyzdžiai.
Daugelis dažniausiai valgomų daržovių iš tikrųjų yra šaknys, augančios po žeme, o ne kitų rūšių daržovės, kurios iš tikrųjų yra augalų lapai ar stiebai. Pavyzdžiui, morkos turi šaknį – jos didelė oranžinė šaknis valgoma, o likusi morkos dalis – ne. Panašiai valgomos pastarnokų, burokėlių, ridikėlių ir ropių šaknys. Kai kuriais atvejais, kaip ir su morkomis ir pastarnokais, suvalgoma visa kočio šaknis. Kituose, pavyzdžiui, burokėliuose ir ridikuose, įprasta valgyti svogūninę dalį šaknies viršuje, bet ne likusią šaknies dalį.
Šaknys linkusios įaugti labai giliai į žemę ir dažnai turi daug mažų išsišakojusių ūselių, besitęsiančių nuo pagrindinės šaknies, todėl jas gali būti gana sunku išrauti. Taigi, pašalinti piktžoles ar persodinti kitus augalus, turinčius tokias šaknis, gali būti sunku. Pavyzdžiui, nesugebėjimas sunaikinti piktžolės šaknies, paprastai reiškia, kad augalas tiesiog ataugs per kelias dienas. Įprastos piktžolės su šakniavaisinėmis šaknimis yra kiaulpienės ir gysločiai. Pašalinti tokius augalus sunku, dažnai aplink augalą reikia iškasti platų ratą, norint jį išrauti.
Tikėtina, kad jaunas medis turės liemeninę šaknį, tačiau dauguma medžių senstant susiformuoja negilios pluoštinės šaknų sistemos. Hickory medžiai ir kai kurios kitos medžių rūšys išlaiko šaknis net ir senstant, ir tokios šaknys gali užaugti gana masyvios ir gana gilios. Daugumos medžių išsišakojusios šaknys padeda jiems išlikti vertikaliai nepaisant vėjo, lietaus ir erozijos. Kad tokios sąlygos sėkmingai nuverstų medį, jos turi padaryti didelę žalą dirvožemiui bent kelių pėdų (poros metrų) aplink konkretų medį.