Kai kurie veiksniai gali turėti įtakos biochemiko gaunamam atlyginimui. Kai kuriuos iš šių veiksnių gali kontroliuoti biochemikas, o kitus gali labiau paveikti visos pramonės įtakos, kurių biochemikas negali kontroliuoti. Biochemiko atlyginimų diapazonas gali labai skirtis, todėl, vertinant darbo pasiūlymą, svarbu atsižvelgti į įtaką atlyginimui, siekiant nustatyti, ar atlyginimas yra pagrįstas.
Vienas iš didžiausių biochemiko atlyginimo veiksnių yra biochemiko darbo vieta. Įvairios tautos turi radikaliai skirtingas darbo užmokesčio skales ir pragyvenimo išlaidas. Pavyzdžiui, Didžiojoje Britanijoje dirbantis biochemikas tikriausiai uždirbs daugiau nei Indijoje dirbantis biochemikas vien dėl skirtingų pragyvenimo išlaidų. Taip pat biochemikas, dirbantis tarptautinėje įmonėje, gali uždirbti daugiau nei dirbantis vietinėje įmonėje. Taip pat svarbu, kokioje įmonėje dirba biochemikas. Farmacijos įmonės paprastai moka labai didelius atlyginimus, o vyriausybinės agentūros turi mažiau lėšų atlyginimams.
Kitas biochemiko atlyginimo veiksnys yra biochemiko mokymų kiekis. Paprastai kuo aukštesnis kolegijos laipsnis, tuo didesnis atlyginimas. Didesnė biochemiko darbo patirtis taip pat gali padidinti biochemiko atlyginimą, taip pat specialius sertifikatus ir mokymus. Pavyzdžiui, biochemikas, dirbęs aukšto lygio ir labai saugioje laboratorijoje, bus vertinamas kaip patrauklesnis kandidatas į darbą nei biochemikas, kuris to nedirbo, o tai reiškia, kad labiau patyręs biochemikas gali reikalauti ir gauti didesnį atlyginimą.
Įmonės dydis taip pat gali būti svarbus, kai kalbama apie biochemiko atlyginimą, kaip ir įmonės pobūdis. Ne pelno organizacijos moka mažiau, o pelno siekiančios organizacijos moka daugiau. Iš dalies taip yra dėl turimo finansavimo, o iš dalies – dėl organizacijos pobūdžio. Taip pat turi reikšmės atliekamo darbo pobūdis. Dėl pažangių tyrimų bus gaunamas didesnis biochemiko atlyginimas, o įprastinis laboratorinių medžiagų apdorojimas bus mažesnis. Publikavimo mokslo žurnaluose istorija taip pat padidins biochemiko atlyginimą, kaip ir dalyvavimas konferencijose bei kitose kvalifikacijos kėlimo formose.
Darbo pavadinimai taip pat svarbūs. Kuo aukštesnis pareigų pavadinimas, tuo didesnis atlyginimas, net jei du skirtingus titulus turintys žmonės atlieka beveik tą patį darbą. Tai yra viena iš priežasčių, kodėl žmonės yra labai atsargūs, kai reikia derėtis dėl pareigų, atkreipia dėmesį į kitus įmonėje ir laboratorijoje naudojamus pavadinimus. Sutartiniai įsipareigojimai taip pat gali būti svarbūs. Jei biochemikas pasirašo sutartis, kuriose nurodoma, kad ji ilgą laiką praleis įmonėje ir nedirbs konkuruojančiose įmonėse, įmonė mokės daugiau, tuo pripažindama didelį darbuotojo įsipareigojimą.