Homocisteino kiekį organizme gali paveikti daugybė skirtingų veiksnių, kurie gali būti labai svarbūs, nes žinoma, kad padidėjęs kiekis yra susijęs su padidėjusia kraujo krešulių, širdies priepuolių ir insulto rizika. Tam tikri genetiniai sutrikimai gali sukelti homocisteino skilimo problemų, todėl gali padidėti lygis. Žmonės, kurie negauna pakankamai kai kurių B grupės vitaminų, taip pat gali turėti padidėjusį jų kiekį. Kai kurios sveikatos būklės, įskaitant skydliaukės ir inkstų ligas, gali turėti įtakos aminorūgščių kiekiui, kaip ir kai kurie vaistai. Moterims amžius dažnai yra veiksnys, visų pirma todėl, kad besikeičiantis hormonų lygis gali sukelti homocisteino kiekio pokyčius.
Žmonėms, turintiems genetinių sutrikimų, dėl kurių sutrinka homocisteino skaidymą padedančių tarpininkų molekulės arba jų trūksta, paprastai būna padidėjęs. Homocistinurija, rimta būklė, paprastai diagnozuojama vaikystėje, kai nėra tarpininkų molekulių, sukelia daugybę problemų, susijusių su itin dideliu homocisteino kiekiu kraujyje. Lengvesnė būklė yra hiperhomocisteinemija, kai tarpininkų molekulės yra, bet neveikia optimaliu lygiu.
B grupės vitaminai taip pat vaidina svarbų vaidmenį nustatant homocisteino kiekį. Folio rūgštis, vitaminas B6 ir vitaminas B12 yra labai svarbūs homocisteino skilimui, o dėl jų trūkumo padidėja lygis. Tiems, kurie negauna pakankamai šių vitaminų su savo mityba, gali tekti vartoti papildų arba valgyti daugiau maisto produktų, kuriuose jų yra, kad homocisteino lygis vėl taptų normalus.
Kai kurios medicininės problemos gali padidinti homocisteino kiekį. Problemą gali sukelti sumažėjusi skydliaukės hormonų gamyba, taip pat inkstų liga. Taip pat gali būti kalta odos sutrikimas psoriazė.
Vaistai taip pat gali sukelti homocisteino lygio svyravimus žmogaus organizme. Kontraceptinių tablečių vartojimas gali padėti sumažinti jo kiekį, nes padidina estrogeno kiekį, kuris, atrodo, turi įtakos homocisteinui. Pacientai, vartojantys vaistus nuo epilepsijos, gali turėti didesnį homocisteino kiekį. Kitas vaistas, dėl kurio gali padidėti koncentracija, yra metotreksatas.
Moterys gali patirti homocisteino lygio pokytį per savo gyvenimą dėl estrogenų kiekio pokyčių. Nėščios moterys dažnai pastebi, kad jų lygis sumažėja, nes jos turi daugiau estrogenų nei įprastai. Vyresnio amžiaus moterims, išgyvenusioms menopauzę, kai estrogenų lygis natūraliai sumažėja, paprastai pastebimas homocisteino padidėjimas. Estrogenų papildų vartojimas gali padėti juos sumažinti.