Kelionių agentų įkainiai priklauso nuo jų parduodamų kelionių produktų tipų, klientams siūlomų konsultacijų kiekio ir jų patirties. Tais atvejais, kai kelionių agentas parduoda klientams kelionių produktus, už kuriuos mokama mažai komisinių arba visai nemoka, pavyzdžiui, už lėktuvo bilietus, tarifai paprastai nustatomi taip, kad būtų užtikrinta, jog kelionių agentas gautų teisingą kompensaciją už savo laiką. Konsultavimo paslaugų mokesčiai ir įkainiai labiau priklausys nuo kelionių agento turimos patirties teikiant kelionių paslaugas arba jo žinių apie konkretų geografinį regioną ar kelionės tipą. Kelionių agento įkainiai taip pat gali būti nustatomi atsižvelgiant į pragyvenimo išlaidas toje vietovėje, kurioje veikia kelionių agentas.
Atsiradus internetinėms kelionių paslaugoms, daugelis kelionių pardavėjų, pavyzdžiui, oro linijų bendrovių, viešbučių ir paketų operatorių, sumažino arba panaikino kelionių konsultantams ir agentams mokamus komisinius. Dėl to šie kelionių ekspertai turėjo nustatyti kelionių agentų tarifus, kad galėtų tęsti veiklą. Kai kuriais atvejais šie įkainiai taikomi siekiant kompensuoti kelionių agentui, kuris savo klientams užtikrina ne komisinio ar mažo komisinio kelionių paslaugą. Šių įkainių ir mokesčių galima atleisti tais atvejais, kai kelionės klientas perka kitus kelionių produktus, už kuriuos agentui suteikiamas pakankamas komisinis atlyginimas. Pavyzdžiui, jei klientas užsisako kelionę į užsienį ir perka lėktuvo bilietą, kurorto paketą ir antžeminio transporto paslaugas, kelionių agentas gali atsisakyti standartinio lėktuvo bilieto užsakymo mokesčio, nes jis gaus daug komisinių už kitus kelionių pirkinius.
Kai kurie kelionių agentų tarifai skirti patyrusiems kelionių agentams kompensuoti už laiką, kurį jie skyrė tyrinėjant kelionių galimybes ir teikiant patarimus klientams. Šie įkainiai paprastai taikomi siekiant apsaugoti kelionių agentą, kad jis negaištų laiko konsultuodamas potencialų klientą dėl kelionės variantų, tik prarasdamas bet kokius komisinius, kai klientas užsisako kelionę tiesiogiai arba su kitu kelionių agentu. Mokesčiai skiriasi priklausomai nuo tyrimo, kurį kelionių agentas atliks savo kliento vardu, ir nuo to, ar kelionių agentas turi padengti papildomas išlaidas, siekdamas užtikrinti kelionės galimybes, pavyzdžiui, skambinti tarptautiniais telefono skambučiais ar siųsti faksogramas įvairiems kelionių pardavėjams. . Kaip ir mokesčius už lėktuvo bilietus, kelionių agentas kartais atsisako šių mokesčių, jei klientas įsigyja reikšmingą pirkinį.