Kompiuterių programinės įrangos inžinieriaus atlyginimą lemia daugybė veiksnių, iš kurių niekas nevyrauja. Išsilavinimas vaidina svarbų vaidmenį nustatant atlyginimą, kaip ir sertifikavimas naudojant įvairius programinės įrangos paketus ir sistemas. Užimtumo sektorius yra svarbus nustatant kompensaciją, nes kai kurie moka pastebimai daugiau ar mažiau nei vidutiniškai. Programinės įrangos inžinieriaus atlyginimas skiriasi išsivysčiusiose ir besivystančiose šalyse bei skirtinguose šalių regionuose, todėl geografinė padėtis taip pat gali turėti įtakos nustatant atlyginimą. Patirtis taip pat vaidina svarbų vaidmenį nustatant atlyginimą.
Kompiuterių programinės įrangos inžinieriai paprastai turi turėti bent bakalauro laipsnį. Aukštesnio lygio laipsniai paprastai žymiai padidins inžinieriaus darbo užmokesčio skalę, nors gali užtrukti šiek tiek ilgiau, kol iš pradžių bus ieškoma daktaro laipsnio. Įmonės, samdančios programinės įrangos inžinierius, dažniausiai siūlo atlyginimą pagal mokyklos, kurią kandidatas baigė, prestižą. Kompiuterių programinės įrangos inžinieriaus atlyginimas bus didžiausias, jei jis puikiais pažymiais baigs pirmaujančią universitetą.
Sertifikatai yra svarbūs kompiuterių programinės įrangos inžinieriams. Daugelis kompiuterių programinės įrangos gamintojų ir kūrimo paslaugų siūlo programas, skirtas inžinieriams ir programuotojams sertifikuoti, kaip naudoti savo gaminius. Turėdami pageidaujamus sertifikatus, pvz., „Microsoft“ sertifikuoto inžinieriaus sertifikatą, galite žymiai padidinti kompiuterių programinės įrangos inžinieriaus atlyginimą.
Atlyginimas programinės įrangos inžinieriams skiriasi priklausomai nuo sektoriaus ir skirtingų užimtumo tipų. Atlyginimai skirtinguose ekonomikos sektoriuose gali skirtis maždaug 10 proc. Inžinieriai, dirbantys pagal sutartį, o ne kaip nuolatiniai darbuotojai, dažniausiai gauna mažiausius atlyginimus, nors kai kurie konsultantai yra labai gerai atlyginami.
Kompiuterių programinės įrangos inžinierių atlyginimai įvairiose šalyse ir regionuose labai skiriasi. Besivystančiose šalyse atlyginimai yra žymiai mažesni nei išsivysčiusiose šalyse. Ši tendencija prisidėjo prie augančio užsakomųjų paslaugų paplitimo šioje srityje.
Inžinierių darbo užmokesčio skalė taip pat atitinka vietines pragyvenimo išlaidas. Pavyzdžiui, JAV kompiuterių programinės įrangos inžinieriaus atlyginimas paprastai bus didžiausias rytinėje arba vakarinėje pakrantėje, daugiausia dėl didesnių pragyvenimo išlaidų tose srityse. Ši tendencija atsispindi daugelyje nacionalinių darbo rinkų.
Inžinieriai, turintys patirties dirbant tam tikroje įmonėje ar sektoriuje, gali pereiti į priežiūros ar vadovaujančias pareigas, už kurias gaunami didesni atlyginimai. Tačiau ilgainiui patirtis šioje pramonės šakoje mažėja, nes nuolat išleidžiamos naujos kalbos ir funkcijos, o kompiuterių programinės įrangos inžinierius turėtų neatsilikti nuo dabartinių tendencijų, kad padidintų savo uždarbio galimybes.