Kokybiškas požeminis vanduo reiškia daugiau nei tik švarų vandenį. Taip pat atsižvelgiama į mineralų kiekį vandenyje. Požeminio vandens kokybę kontroliuoja daugelis veiksnių, įskaitant taršą, tačiau yra trys pagrindiniai veiksniai, kurie lemia požeminio vandens kokybę: klimatas, vandens gylis ir dirvožemis bei nuosėdos.
Pirmasis veiksnys yra vietovės klimatas. Karštesnėje vietovėje, kur iškrenta mažiau kritulių, vanduo greičiau išgaruoja, kai patenka arčiau žemės paviršiaus. Vanduo greitai išgaruoja, todėl mineralai lieka žemėje. Kitą kartą lyjant ir vandeniui įsiurbus į žemę, vanduo sugeria mineralus ir nuneša juos į vandentiekį, suteikdamas sūroką skonį. Vėsesnėje vietovėje, kurioje iškrenta daug kritulių, vandenyje bus mažiau mineralinių medžiagų, o tai pagerins požeminio vandens kokybę.
Antrasis veiksnys, kontroliuojantis požeminio vandens kokybę, yra požeminio vandens gylis nuo paviršiaus. Esant gilesniam vandens lygiui, tarša bus mažesnė, nes teršalams sunkiau patekti į vandenį. Tačiau gilesniame vandenyje mineralinių medžiagų kiekis bus didesnis. Vanduo tirpdo viską, su kuo liečiasi, todėl giliau grimzdamas į žemę tirpdo mineralus ir neša juos vandens tiekimo link.
Sekliojo vandens atsargos nebus tokios mineralizuotos, nes vanduo nenusileidžia taip giliai. Tačiau jame yra daugiau kalcio, geležies ir magnio, nes dirvožemis neturi tiek laiko juos pašalinti. Dėl to vanduo tampa „kietas“. Seklus vanduo taip pat turi didesnę tikimybę būti paveiktas užteršimo.
Trečias veiksnys, kontroliuojantis požeminio vandens kokybę, yra dirvožemio ir nuosėdų tipas šioje vietovėje. Kai kurių tipų nuosėdose yra cheminių medžiagų ir mineralų, tokių kaip siera, kurios greitai ištirpsta, todėl vandenyje yra daugiau mineralinių medžiagų. Kitų tipų nuosėdose yra mažiau turinio, kuris gali būti lengvai ištirpsta ir patenka į vandens tiekimą.
Kitas požeminio vandens kokybės aspektas, kontroliuojamas pagal dirvožemio tipą, yra dirvožemio pralaidumas. Smėlis, pasižymintis dideliu pralaidumu, leidžia vandeniui lengvai judėti per jį, neleidžiant vandeniui pasisavinti daug mineralų. Mažiau pralaidus dirvožemis, pvz., molis, sulėtina vandens tekėjimą ir suteikia galimybę ištirpinti daugiau mineralų. Tačiau kai vanduo lėtai juda per žemę, yra didesnė tikimybė, kad jis paliks teršalus ir kitus teršalus, todėl vandens tiekimas bus švaresnis.