Pacientų, kuriems diagnozuotas smegenų auglys, gyvenimo trukmė gali būti labai skirtinga. Kai kurie veiksniai yra svarbūs nustatant paciento prognozę. Pirma, labai svarbus yra esamo vėžio tipas, nes skirtingų tipų piktybiniai augliai yra nevienodo agresyvumo. Taip pat svarbu naviko dydis ir vieta diagnozės metu. Kitas svarbus smegenų auglio prognozės veiksnys yra tai, ar pirminis navikas metastazavo arba išplito į toli nuo smegenų esančias kūno sritis.
Vienas svarbus veiksnys, turintis įtakos smegenų auglio prognozei, yra esamo naviko tipas. Daugelis skirtingų ląstelių, esančių smegenyse, gali išsivystyti į vėžinius darinius, o atsiradę navikai turi skirtingą gebėjimą didėti ir plisti į kitas kūno vietas. Pavyzdžiui, vieno tipo smegenų auglys, vadinamas daugiaforme glioblastoma (GBM), yra labai agresyvus, o pacientai, kuriems diagnozuotas šis navikas, paprastai išgyvena mažiau nei metus. Priešingai, meningioma, kuri yra auglys, kilęs iš smegenis dengiančių membranų, auga daug lėčiau ir mažiau metastazuoja į kitas kūno vietas. Pacientai, kuriems nustatyta ši vėžio diagnozė, turi ilgesnę gyvenimo trukmę.
Kitas svarbus smegenų auglio prognozės aspektas yra naviko dydis diagnozės metu. Apskritai didesnių navikų prognozė yra blogesnė nei mažesnių. Taip yra todėl, kad šie didesni navikai turėjo daugiau laiko augti, plisti ir įsipainioti į svarbias smegenų struktūras. Dideli navikai, esantys smegenyse, gali būti ypač pavojingi, nes kaukolėje yra nedaug vietos. Pernelyg didelis naviko augimas gali sukelti smegenų išvaržą arba pasislinkimą už kaukolės ribų, o tai gali sukelti sąmonės netekimą ir kvėpavimo sustojimą.
Skirtingai nuo daugelio kitų tipų navikų, kurie pažeidžia skirtingus kūno organus, smegenų auglio vieta gali labai paveikti paciento prognozę. Taip yra dėl to, kad smegenų regionai yra labai specializuoti savo gebėjimų kontroliuoti kūno veikimo aspektus. Smegenų auglys, pažeidžiantis smegenų kamieną, gali būti mirtinas, nes ši smegenų sritis kontroliuoja gyvybiškai svarbius procesus, tokius kaip kvėpavimas, širdies plakimas ir kraujotaka. Viena, esanti priekinėje smegenų skiltyje, gali sukelti tik asmenybės pokyčius ir ne iš karto kelti pavojų gyvybei.
Tai, ar navikas metastazavo, taip pat turi įtakos smegenų auglio prognozei. Vėžinės ląstelės gali plisti iš smegenų į kitus kūno regionus per limfinę sistemą arba kraują. Nors smegenų augliai metastazuoja ne taip dažnai, kaip kai kurie kiti navikai organizme, jei jie išplinta į tolimas sritis, paciento prognozė yra gana prasta. Pažymėtina, kad kiti navikai, tokie kaip plaučių vėžys, krūties vėžys ar gaubtinės žarnos vėžys, dažnai metastazuoja į smegenų sritį. Apskritai metastazių smegenyse yra blogas prognozinis požymis pacientams, sergantiems šiais kitais vėžiniais susirgimais.