Yra keletas privalumų ir trūkumų, kuriuos reikia apsvarstyti prieš priimant sprendimą dėl alternatyvaus vidurinio išsilavinimo. Lanksti mokymo programa, mažesnis klasės dydis, mažesnis pamokų skaičius ir žema streso aplinka gali sukurti aplinką, skatinančią geresnį mokymąsi. Tačiau sunku prisitaikyti, sumažėjęs socialinių sąveikų skaičius ir neigiamos konotacijos, susijusios su alternatyviu ugdymu, gali turėti įtakos mokinio pasiekimams už klasės ribų.
Alternatyviam vidurinės mokyklos ugdymui būdinga modifikuota mokymo programa, kuri neatitinka tos, kuri naudojama įprastoje valstybinėje vidurinėje mokykloje. Mokymo programa paprastai gali būti koreguojama, kad ji atitiktų studento mokymosi tempą, o tai ypač naudinga gabiems studentams ir tiems, kuriems sunku mokytis. To pavyzdys galėtų būti užsakomoji mokykla gabiesiems, sukurta ugdyti akademinius ir meninius studentų gabumus.
Alternatyvioje vidurinėje mokykloje klasės dydis paprastai yra mažesnis nei vidutinėje mokykloje. Tai leidžia sumažinti mokytojo ir mokinio santykį. Mažesnis santykis palengvina didesnę mokytojo ir mokinio sąveiką ir suteikia mokytojui galimybę dažnai atsakyti į mokinio klausimus. Mokiniai, kuriems sunku bendrauti su daug bendraamžių, gali klestėti alternatyvioje mokykloje. Be to, mokytojas gali daugiau dėmesio skirti tam, kad ištaisytų kai kuriuos netinkamą mokinių elgesį, kuris dažniausiai ignoruojamas didesnėje klasėje.
Studentams gali patikti studijuoti alternatyvioje vidurinėje mokykloje dėl gana ramios aplinkos. Didelio studentų skaičiaus nebuvimas ir griežta mokymo programa gali sumažinti streso lygį, kuris yra palankesnis mokymuisi. Alternatyvus vidurinės mokyklos išsilavinimas taip pat neleidžia studentams „iškristi pro plyšius“, nes daugiau dėmesio skiria mokinio stipriųjų pusių ugdymui, o ne tam, kad išlaikytų konkretų pažymių vidurkį. Studentai mėgaujasi studijomis, mažėja praleistų pamokų skaičius.
Kita vertus, perėjimas nuo tradicinės aplinkos prie alternatyvios mokyklos gali nuliūdinti mokinį, ypač jei perėjimas atliekamas vėliau vidurinėje mokykloje, o ne pradžioje. Grupės, prie kurios mokinys buvo įpratęs, nebus ir tai gali sukelti prisitaikymo sunkumų. Tai taip pat taikoma, kai studentas pereina iš alternatyvios vidurinės mokyklos į įprastą vidurinę mokyklą. Be to, klasių įvairovės trūkumas alternatyvioje vidurinėje mokykloje taip pat gali turėti įtakos mokinio socializacijai ateityje.
Kitas trūkumas yra stigma, kuri gali būti priskirta studentams iš alternatyvios vidurinės mokyklos. Alternatyvus vidurinės mokyklos išsilavinimas paprastai siūlomas kaip paskutinė išeitis „rizikos grupės“ mokiniams, kuriems sunku dirbti vidutinėje klasėje. Be to, studentui, baigusiam alternatyvią vidurinę mokyklą, gali būti sunkiau kreiptis dėl darbo.