Amniocentezės tyrimai gali suteikti šeimoms ir jų sveikatos priežiūros paslaugų teikėjams svarbios informacijos apie besivystančio kūdikio gerovę. Tai gali padėti gydytojui diagnozuoti genetinius sutrikimus ir įvertinti, ar vaisius yra pakankamai subrendęs, kad galėtų išgyventi už gimdos ribų. Tačiau ši procedūra nėra be rizikos. Amniocentezės komplikacijos gali būti infekcija, kraujavimas, amniono skysčio nutekėjimas, persileidimas ir vaisiaus sužalojimas. Kai kuriais atvejais procedūra nesuteikia tikslios informacijos apie vaisius.
Didžiausias amniocentezės tyrimo pranašumas yra tas, kad jis pateikia besivystančio vaisiaus genetinės medžiagos pavyzdį. Ši informacija yra labai svarbi norint nustatyti tikslesnę prenatalinę genetinių sindromų diagnozę. Nors ultragarsas ir motinos kraujo tyrimai gali rodyti tokias sąlygas kaip Dauno sindromas, amniocentezė suteikia tikslesnę diagnozę.
Amniocentezės tyrimas taip pat svarbus vertinant moteris, kurioms gresia priešlaikinis gimdymas. Procedūros metu gautas mėginys gali būti tiriamas siekiant įvertinti, kiek subrendę vaisiaus plaučiai. Nesubrendę plaučiai gali reikšti, kad moteris turėtų stengtis kuo ilgiau išlikti nėštumui, kad kūdikiui būtų suteikta geriausia galimybė išgyventi po gimimo. Priešingai, atlikus testą, kuris rodo, kad subręsta plaučiai, gali pasikeisti pusiausvyra neišnešioto kūdikio gimdymo naudai.
Deja, atliekant amniocentezės tyrimus kyla nemažai pavojų. Kai kurios rizikos yra susijusios su tuo, kad amniocentezė yra invazinė procedūra. Visada yra tikimybė užsikrėsti motinos oda arba vaisiaus vandenimis, supančiais besivystantį vaisių. Po procedūros moterys gali gausiai kraujuoti. Kai kurios moterys patiria nuolatinį amniono skysčio nutekėjimą iš adatos įvedimo vietos.
Kitas šios procedūros trūkumas yra persileidimas po amniocentezės. Įvairūs mokslininkai įvertino skirtingą vaisiaus praradimo dažnį po amniocentezės. Apskaičiuota, kad persileidimo rizika po procedūros yra 1.1–2.2%. Tai padidėjo nuo 0.7 iki 1.5 % panašių moterų, kurioms nebuvo atlikta amniocentezė. Kitaip tariant, persileidimo rizika, susijusi su procedūra, svyruoja nuo vieno iš 300 iki vieno iš 500.
Kitos amniocentezės tyrimo rizikos gali būti vertinamos kaip procedūros trūkumai. Adata gali sužaloti besivystantį vaisių, nors ši rizika yra reta, nes įprasta naudoti ultragarsą adatai nukreipti. Kartais ląstelės, gautos amniocentezės skystyje, neatspindi besivystančio vaisiaus genetinės sandaros, o genetinės diagnozės, gautos analizuojant šias ląsteles, gali būti neteisingos. Procedūra taip pat ne visada sėkminga, o tai reiškia, kad kartais surenkamas nepakankamas skysčių kiekis pilnai analizei.