Baklažanai priklauso tai pačiai šeimai – nakvišėms arba solanaceae – kaip pomidorai, paprikos ir bulvės, ir yra paveikti daugelio tų pačių kenkėjų. Labiausiai paplitę baklažanų kenkėjai yra vabalų, vabzdžių ir erkių grupių nariai. Šie kenkėjai valgo lapus ir čiulpia gyvybę palaikančias augalų sultis. Baklažanai taip pat jautrūs įvairioms bakterinėms ir grybelinėms ligoms, sukeliančioms vytimą ir puvimą. Auginant daržoves sode, gaunami švieži, sveiki produktai, tačiau norint gauti gausų derlių, reikia gerai išmanyti kenkėjų ir ligų valdymą.
Vienas ryškiausių baklažanų kenkėjų yra lapus mintantis Kolorado vabalas. Šis dryžuotas vabalas ir jo lerva ėda bulvių, paprikų ir pomidorų lapiją. Mažytės voratinklinės erkės yra viena baklažanų kenkėjų grupė, kuri čiulpia baklažanų sultis ir silpnina augalus. Šie kenkėjai aptinkami apatinėse lapų pusėse. Jie yra aktyviausi vasaros pabaigoje esant sausam karščiui ir gali būti atgrasomi tinkamai laistant baklažanus.
Blusiniai vabalai yra mažų vabzdžių grupė, kuri yra įprasti visų solanaceae augalų kenkėjai. Jie ypač kenkia baklažanams, kuriems jie teikia pirmenybę. Lerva minta besivystančiomis šaknimis, o suaugusieji puola antžemines augalo dalis. Baklažanų nėriniai ir mažyčiai amarai yra baklažanų kenkėjai, turintys specialias burnos dalis, kad prasiskverbtų į augalus ir išsiurbtų jų sultis. Užkrėtimas gali susilpninti augalus, užkertant kelią žydėjimui arba augimo sulėtėjimui.
Baklažanai taip pat yra jautrūs bakterinėms ir grybelinėms ligoms. Verticillium vytulį sukelia dirvožemio grybelis, dėl kurio atsiranda mažų, suvytusių augalų, kurie ilgainiui miršta. Žiedų galinis puvinys yra dar viena grybelinė liga, dėl kurios subrendę vaisiai nukrenta. Baklažanai taip pat yra linkę į bakterinį vytimą, kuris sunaikina daugumą užkrėstų augalų. Kelių rūšių pūtimas paveikia besivystančius vaisius arba visą augalą, dėl kurio galiausiai prarandami vaisiai arba sunaikinamas visas augalas.
Kad apsaugotumėte šį šilto oro pasėlį, antkaklių ir eilių užvalkalų naudojimas gali padėti išvengti ankstyvo užkrėtimo. Dažni patikrinimai ir insekticidinio muilo naudojimas gali sumažinti kenkėjų poveikį subrendusiems augalams. Kasmet keičiant baklažanų vietą sode taip pat sumažėja baklažanų kenkėjų ir ligų. Vabzdžių plėšrūnų, tokių kaip boružėlės, naudojimas erkėms kontroliuoti ir maldininkai didesniems vabzdžiams yra daugelio sodininkų strategija. Sėkmingas kenkėjų valdymas yra pagrindinis žingsnis siekiant užtikrinti sveiką baklažanų derlių.