Dažniausias burnos skalavimo skysčio šalutinis poveikis yra burnos gleivinės sudirginimas ir deginimo pojūtis burnoje. Burnos skalavimo skysčio skonis gali išlikti valandų valandas, todėl maisto skonis gali būti metalinis, kartaus ar aštrus. Norint sušvelninti šalutinį burnos deginimo poveikį, galima naudoti subtilesnio skonio burnos skalavimo skystį. Kartais nurijus didelį kiekį burnos skalavimo skysčio, gali pasireikšti sunkesnis šalutinis poveikis. Tai yra pykinimas ir vėmimas, galvos svaigimas, viduriavimas ir galvos svaigimas.
Nors atsitiktinis nedidelio burnos skalavimo skysčio kiekio nurijimas paprastai nėra rimtas, sąmoningas burnos skalavimo skysčio gėrimas gali sukelti rimtų šalutinių poveikių ir netgi gali būti pavojingas gyvybei. Šalutinis burnos skalavimo skysčio poveikis gali būti sąmonės netekimas, traukuliai ir net širdies sustojimas dėl didelio alkoholio kiekio tam tikruose burnos skalavimo skysčiuose. Šie šalutiniai poveikiai yra panašūs į tuos, kurie atsiranda vartojant per daug alkoholinių gėrimų.
Vienas iš labiausiai nerimą keliančių burnos skalavimo skysčio šalutinių poveikių yra galimybė padidinti ryklės vėžio ir burnos vėžio riziką. Taip yra dėl didelio alkoholio kiekio tam tikruose burnos skalavimo skysčiuose. Nors norint nustatyti neabejotiną ryšį gali prireikti daugiau įrodymų, gali būti protinga naudoti nealkoholinį burnos skalavimo skystį. Kiti šalutiniai burnos skalavimo skysčių poveikiai yra burnos audinių sudirginimas ir šleikštulys, kuris yra nepatogus ir gali sukelti burnos infekciją ar net dantenų ligą.
Burnos skalavimo skysčio privalumai yra jo gebėjimas sumažinti burnos bakterijų, kurios gali sukelti dantenų ligas ir dantų infekcijas, skaičių. Burnos skalavimo skystis taip pat gali padėti pašalinti apnašas ir blogą burnos kvapą. Žmonėms, kurie naudoja burnos skalavimo skystį arba skalavimo skystį, kuriame yra fluoro, gali būti mažesnė ertmių atsiradimo rizika. Tam tikri burnos skalavimo skysčiai taip pat gali nuraminti gerklės skausmą. Skalavimas skalavimo skysčiu gali padėti palengvinti infekcijos sukeltą gerklės skausmą, tačiau per dažnas skalavimas alkoholio turinčiu burnos skalavimo skysčiu gali sukelti skausmą.
Pasireiškus šalutiniam burnos skalavimo skysčio poveikiui, reikia kreiptis į odontologą. Jis gali įvertinti burnos audinių pažeidimus ir aptarti burnos higieną naudodamas nealkoholinius burnos skalavimo skysčius. Tačiau kai kurie odontologai išvis nerekomenduoja naudoti burnos skalavimo skysčio, o rekomenduoja gerą burnos higienos programą, kuri apima dantų valymą bent du kartus per dieną ir dantų siūlą tarp valgymų.