Išrūgų baltymų šalutinis poveikis paprastai laikomas minimaliu, nors kai kurie jų yra. Daugelis išrūgų baltymuose esančių junginių yra įprasti daugumoje dietų, nors didelis baltymų kiekis kai kuriems žmonėms gali sukelti virškinimo sutrikimus, pykinimą, inkstų sutrikimus ir kitus negalavimus. Be to, laktozės netoleruojantiems žmonėms gali pasireikšti alerginės reakcijos. Žmonės, vartojantys tam tikrus vaistus ir antibiotikus, taip pat gali būti įspėti dėl išrūgų baltymų vartojimo.
Dažniausiai išrūgų baltymų šalutinis poveikis nėra būdingas pačiam produktui. Toks poveikis veikiau rodo produkte esančių baltymų, kalcio, angliavandenių, laktozės ar kitų junginių bei maistinių medžiagų kiekį. Kitaip tariant, dauguma ingredientų, sukeliančių šalutinį poveikį ar sąveiką, randami vidutinėse dietose.
Kaip rodo pavadinimas, produkte yra daug baltymų. Baltymų perteklius gali daryti per didelį spaudimą inkstams. Taip pat išeikvojama tam tikrų vitaminų ir mineralų organizmas. Dėl šios priežasties tie, kurie laikosi daug baltymų turinčios dietos, dažnai vartoja multivitaminų papildus. Daug baltymų turinti dieta, kurią praktikuoja tie, kurie reguliariai vartoja išrūgų baltymus, taip pat gali padidinti kraujo rūgštingumą, kuris turėtų būti kuo arčiau neutralaus (7.0 pH skalėje).
Tie, kurie nesportuoja reguliariai, gali neturėti jokios priežasties vartoti išrūgų baltymų, ypač Vakarų kultūroje, kur didelis baltymų kiekis yra įprastas vidutinėje dietoje. Išrūgų baltymų šalutinio poveikio galima išvengti vartojant produktą tik bandant auginti raumenų masę arba numesti svorio. Bet kuris iš šių privalumų bus gautas tik tada, kai kartu bus mankšta ir sveika mityba.
Kai kurie išrūgų baltymų šalutiniai poveikiai atsiranda dėl laktozės kiekio produkte, kuris paprastai yra artimas 5 ar 6 procentams. Vėlgi, kaip rodo pavadinimas, išrūgų baltymai gaunami iš piene esančio junginio, vadinamo išrūgomis, kuris yra atskirtas nuo varškės, naudojamos sūriui gaminti. Pagrindinis cukrus, esantis piene ir išrūgose, yra laktozė, kurios daugelis žmonių netoleruoja. Laktozės netoleravimas gali sukelti virškinimo sutrikimus ir negalavimus. Išrūgų baltymų izoliatas, kuriame yra mažiau nei vienas procentas laktozės cukraus, yra prieinamas tiems, kurie kenčia nuo laktozės netoleravimo.
Netinkamas dozavimas taip pat gali sukelti šalutinį išrūgų baltymų poveikį. Produktas paprastai laikomas saugiu ir naudingu, kai vartojamas tinkamais kiekiais. Tačiau vartojant per daug, gali atsirasti pykinimas, padažnėti tuštinimasis, nuovargis ir apetito praradimas.
Tarp išrūgų baltymų ir tam tikrų receptinių vaistų ar antibiotikų yra tam tikra sąveika. Pavyzdžiui, tie, kurie vartoja tetraciklinus, gali būti atsargūs, nes didelis kalcio kiekis išrūgų baltymuose gali slopinti tetraciklinų absorbciją skrandyje. Šią problemą galima išspręsti vengiant išrūgų baltymų ir tetraciklinų vartojimo per keturias valandas vienas nuo kito. Tikėtina, kad tokią informaciją pateiks gydytojas, o daugelis prekių ženklų savo gaminiuose pateiks išsamias nuorodas, įspėjimus ir informaciją apie maistingumą.