Dažniausias MRT šalutinis poveikis yra susijęs su ilgalaikiu gulėjimu mažoje erdvėje ir gali apimti galvos svaigimą, nugaros skausmus ir nuovargį. Sunkesnis šalutinis poveikis gali pasireikšti kaip reakcija į bet kokią MRT naudojamą kontrastinę medžiagą. Labai retais atvejais, jei kūne yra metalo gabalas, MRT aparatas gali priversti objektą judėti kūne ir sukelti rimtą žalą. Tai labai retas šalutinis poveikis, nes yra taikomos griežtos atsargumo priemonės, apsaugančios nuo tokio pobūdžio nelaimingų atsitikimų.
Paprastai žmonės patiria MRT šalutinį poveikį, kurį, atrodo, sukelia magnetinio rezonanso tomografijos poveikis, tačiau iš tikrųjų juos sukelia ilgas gulėjimas ramiai. Galvos svaigimą ir nugaros skausmus, apie kuriuos praneša kai kurie pacientai, beveik neabejotinai sukelia nejudantis gulėjimas ant kieto paviršiaus valandą ar ilgiau. Nuovargis po MRT dažnai atsiranda dėl streso, susijusio su vaizdų darymu, kuris gali būti labiau varginantis, nei pastebima procedūros metu. MRT šalutinis poveikis, pvz., galvos skausmas, dažnai yra susijęs su garsiais garsais, kuriuos girdi MRT metu, ir dažniau pasireiškia žmonėms, kurie taip pat patiria migreną.
Kai kurie žmonės patiria lengvą MRT šalutinį poveikį, paprastai primenantį alerginę reakciją, kai naudojama kontrastinė medžiaga. Labai sunkus MRT šalutinis poveikis gali pasireikšti, kai pacientas turi sunkų inkstų nepakankamumą ir yra veikiamas kontrastinės medžiagos, kurioje yra gadolinio. Šis šalutinis poveikis yra liga, vadinama nefrogenine sistemine fibroze, kuri yra nepagydoma ir kartais mirtina. Palyginti mažai tikėtina, kad pasireikš toks šalutinis poveikis, nes inkstų nepakankamumas paprastai nustatomas prieš atliekant MRT su gadoliniu.
Labai retai geležis organizme sukels skausmingą MRT šalutinį poveikį. Feromagnetiniai objektai gali stipriai judėti iš bet kurios padėties šalia MRT aparato. Jei jie yra kūno viduje, jie gali padaryti didelę žalą vidaus organams. Asmuo, kurio dantys yra metalinėmis plombomis, gali jausti nedidelį dilgčiojimą, tačiau smulkūs dantų tvirtinimai paprastai nesukelia problemų atliekant procedūrą.
Atrodo, kad dažniausiai MRT šalutinis poveikis yra padidėjęs jautrumas galimoms sveikatos problemoms. MRT aparatas yra įtempta ir dažnai nepažįstama technologija, todėl daugelis žmonių labai susirūpinę dėl pojūčių, kurie paprastai nebūtų laikomi nerimą keliančiais. Jaučiamas dilgčiojimas ar galvos svaigimas, kuris paprastai nepastebimas, arba bet koks skausmo pojūtis kelia didelį susirūpinimą. Numanoma galimybė, kad buvo didelis šalutinis poveikis, taip pat sukelia panikos simptomus. Šio šalutinio poveikio galima išvengti pasikalbėjus su patikimu gydytoju ir pripažįstant, kad MRT yra labai saugi procedūra.