Vaizdo konferencijos tampa vis populiaresniu pasirinkimu verslo ir švietimo pasaulyje dėl savo patogumo ir kelionės išlaidų mažinimo. Tačiau reikia nepamiršti ir kai kurių vaizdo konferencijų trūkumų. Pirma, bet kuriuo atveju, kai naudojama technologija, gali kilti techninių sunkumų; tai gali būti programinės įrangos problemos, pačios kompiuterio aparatinės įrangos problemos ar net aplinkiniai trukdžiai, dėl kurių sunku girdėti ar matyti, pvz., aplinkos triukšmas biure. Kai kurie žmonės taip pat pasigenda asmeninių ryšių, atsirandančių tradicinėje aplinkoje, pavyzdžiui, rankos paspaudimo ir akių kontakto, kurių trūksta vaizdo konferencijoje.
Šios technologijos nustatymo kaina yra dar vienas iš dažniausiai pasitaikančių vaizdo konferencijų trūkumų. Įmonės, turinčios daug darbuotojų kelionės išlaidų, dažnai mano, kad šis procesas yra vertas, tačiau kai kurioms mažesnėms įmonėms vaizdo konferencijų išlaidos gali būti pernelyg didelės. Įmonės taip pat turės planuoti, kur diegs vaizdo konferencijas; Pavyzdžiui, konferencijų salė yra geras pasirinkimas, bet tada ta pati patalpa negali būti naudojama susitikimams, jei vyksta vaizdo konferencijos. Nors galbūt ne vaizdo konferencijų trūkumai, reikia pagalvoti apie tokias logistikos problemas.
Techninės problemos yra vieni iš dažniausiai pasitaikančių vaizdo konferencijų trūkumų. Programinės įrangos gedimai yra gana dažni, todėl gali tekti paskambinti techninės pagalbos tarnybai, o tai nutraukia visą konferencijos tvarkaraštį. Taip pat gali sugesti kompiuterio kamera arba mikrofonas. Be to, kai kuriuose biuruose gali kilti netikėtų problemų, pavyzdžiui, iš išorės sklindantis triukšmas. Yra daug būdų, kaip sutrikdyti vaizdo konferenciją, o tai paprastai nebūtų problema per asmeninę konferenciją.
Kitas vienas iš pagrindinių vaizdo konferencijų trūkumų yra asmeninio kontakto trūkumas. Bandant užmegzti verslo santykius ar net imant pokalbį dėl darbo, gali būti svarbu pamatyti, kaip asmuo elgiasi profesinėse situacijose. Tvirtas rankos paspaudimas ir draugiškas akių kontaktas yra vieni geriausių būdų tai nustatyti, tačiau vaizdo konferencijos to neleidžia. Technologijoms ir toliau tobulėjant, tai greičiausiai bus mažesnė problema, bet vis tiek nebus pakaitalas susitikti su kuo nors asmeniškai. Žinoma, vaizdo konferencijų pranašumai paprastai nusveria kelis trūkumus, tačiau kai kuriais atvejais senamadiškas žmonių susitikimas nepakeičiamas.