Genetiškai modifikuotų papajų privalumai ir trūkumai yra diskusijų objektas. Apskritai genetiškai modifikuoti maisto produktai dažniausiai yra atsparūs tam tikriems vabzdžiams ir kitoms užkrėtimams. Trūkumai pirmiausia susiję su tuo, kad šie maisto produktai nebuvo saugūs ilgą laiką, todėl kai kurios aplinkosaugos grupės ir sveikatos organizacijos mano, kad genetiškai modifikuoti maisto produktai gali pakenkti žmonių sveikatai, kai jie vartojami dideliais kiekiais.
Genetiškai modifikuotos papajos buvo sukurtos taip, kad būtų atsparios papajų žiedinės dėmės virusui, kuris gali būti niokojantis augalo pasėliams. Jie buvo sukurti ir šio rašymo metu yra prieinami įvairiose šalyse. Vis dar yra daugiau šalių, kurios nepersistengia, tačiau pramonės pareigūnai bando nustatyti, kokių veiksmų reikia imtis, kad jos būtų plačiau prieinamos. Daugelis šalių, kuriose pirmą kartą buvo parduotos genetiškai modifikuotos papajos, yra pramoninės, o besivystančios šalys yra tarp atsiliekančių šalių.
Vyksta intensyvios diskusijos dėl genetiškai modifikuotų papajų ir kitų maisto produktų gamybos ir platinimo. Viena vertus, galimybė auginti daugiau pasėlių, nebijant virusų ir kitų augalus sunaikinančių ligų sukėlėjų, reiškia, kad apskritai galima užauginti daugiau maisto. Užauginama daugiau maisto, vadinasi, yra daugiau ką apeiti. Tai svarbus diskusijų aspektas, nes pasaulio gyventojų skaičius auga, o įprastiniai augalai gali būti nepakankamai derlingi, kad neribotą laiką išmaitintų visus.
Mažesniu mastu, mažesnis derliaus praradimas reiškia, kad ūkininkai gali uždirbti daugiau pinigų, kad išlaikytų savo šeimas parduodami pasėlius. Tai labai svarbu augintojams, kuriems gali kilti finansinių sunkumų dėl didelio derliaus praradimo. Kalbant apie papajas, papajų žiedinės dėmės virusas gali būti labai niokojantis ir gali sunaikinti visus pasėlius.
Pagrindinis genetiškai modifikuotų papajų ir kitų modifikuotų maisto produktų trūkumas yra tai, kad jie nebuvo saugūs ilgą laiką. Kai kurios sveikatos organizacijos teigia, kad pavojus žmonių sveikatai yra didelis ir kad visi genetiškai pakeisti maisto produktai turėtų būti uždrausti prekybos centrų lentynose. Kiti teigia, kad jie yra tokie pat saugūs ir sveiki, kaip ir labiau įprastai auginami augalai. Kurį laiką gali būti nežinoma tiesa.