Auginant apelsinmedžius ir kitus citrusinius medžius reikia atidžiai genėti, kad pagerėtų bendra medžio sveikata ir padidėtų jo vedančių vaisių derlius bei dydis. Yra tam tikrų nesutarimų dėl geriausio būdo genėti apelsinmedžius, nes kai kurie žmonės mano, kad mažiau yra daugiau, o kiti mano, kad geriau genėti plačiau. Nepriklausomai nuo individualių pageidavimų, kruopštus viršutinių šakų retinimas ir šių šakų pjovimas iš dviejų pusių gali padėti pasiekti gerų apelsinmedžių genėjimo rezultatų.
Geriausias laikas genėti apelsinų medį yra tada, kai jis baigia vesti metus, vasaros pabaigoje arba ankstyvą rudenį. Prieš pradedant tikrąjį apelsinmedžio genėjimo procesą, verta pažvelgti į medį ir nuspręsti, kiek reikia genėti. Kai kuriais metais medis gali nešti daugiau negyvos medienos nei kitais, arba dėl kenkėjų gali kilti problemų dėl medžio genėjimo smarkiau nei įprastai. Be to, visas pumpurų vietas, esančias po skiepu, taip pat reikia pašalinti kuo arčiau medžio kamieno, nes jos neduos valgomų vaisių. Nustačius šias vietas ir jomis pasirūpinus, likusią medžio dalį galima genėti.
Nupjovus negyvą ir kenkėjų pažeistą medieną, pagrindinis apelsinmedžio genėjimo tikslas yra išretinti viršutines šakas. Paprastai šiose šakose užauginama daugiausia vaisių, o negenint medis gali peraugti, todėl vaisiai bus mažesni, o ne tokie skanūs. Retinant šias viršutines šakas paliekama daug vietos vaisiams augti, taip pat daugiau saulės spindulių prasiskverbia į vidurines medžio šakas. Negalima pašalinti daugiau kaip trečdalio viršutinių šakų.
Pjauti šakas tinkamu kampu ir padaryti reikiamą skaičių pjūvių svarbu, kad medis būtų sveikas, taip pat skatinamas naujas augimas. Mažesnes šakas galima pašalinti vienu kampu pjūviu, tačiau didesnėms šakoms reikia dviejų pjūvių. Užuot padarę vieną didelį pjūvį iki galo, pirmiausia nupjaukite vieną didelės šakos kraštą kampu, tada padarykite antrą pjūvį priešingoje pusėje tuo pačiu kampu. Tai leidžia genėti šaką nerizikuojant pažeisti jos žievę. Genėdami apelsinmedį, nupjaukite šakas du ar tris colius nuo pagrindinio medžio kamieno, kad apsaugotumėte jį nuo žievės pažeidimo.
Veiksmingas genėjimas reiškia, kad reikia atkreipti dėmesį į bendrą medžio dydį ir formą, taip pat į smulkesnes detales. Tai svarbu, nes tai turės įtakos vaisių nuėmimo paprastumui, kai pasirodys. Kuo aukštesnis medis, tuo sunkiau bus pasiekti aukščiausius vaisius, todėl paprastai geriau turėti trumpesnį, platesnį medį nei aukštesnį. Tokį apelsinmedžio genėjimą geriausia pradėti, kai medis jaunas, nes lengviau pradėti lavinti medžio formą, kol jis dar mažas. Laikydami medį ne daugiau kaip 8 pėdų (2.5 metro) aukštyje, yra geras aukščio ir valdomumo balansas.