Nors yra daug antibiotikų, skirtų bakterinėms infekcijoms gydyti, tam tikros rūšys laikomos geriausiais chlamidijų gydymui. Du pirmo pasirinkimo antibiotikai nuo chlamidijų, kuriuos skiria dauguma gydytojų, yra azitromicinas ir doksiciklinas. Eritromicinas, ofloksacinas ir levofloksacinas yra visi vaistai, kuriuos taip pat galima skirti, o amoksicilinas kartais vartojamas nėščioms moterims gydyti. Kiekvienas vaistas turi privalumų ir trūkumų, susijusių su dozavimo režimu, kaina ir šalutiniu poveikiu.
Azitromicinas laikomas vienu iš dviejų geriausių antibiotikų chlamidijų gydymui. Jį labai lengva vartoti, reikia tik vienos dozės, ir 95% atvejų išgydo ligą. Žmonėms, sergantiems lėtiniais, pasikartojančiais chlamidioze, ypač gerai sekasi gydyti šiuo vaistu, todėl manoma, kad jį saugu vartoti nėštumo metu. Vaisto trūkumai yra tai, kad jis paprastai yra brangesnis nei kiti gydymo būdai ir gali sukelti pykinimą ar vėmimą.
Antrasis iš labiausiai pageidaujamų chlamidijų antibiotikų yra doksiciklinas. Šis vaistas chlamidijoms gydyti buvo naudojamas ilgiau nei bet kuris kitas ir, kaip ir azitromicinas, tinkamai vartojamas jo sėkmės procentas yra 95%. Tačiau dozė yra daug mažiau pageidautina, nes ji turi būti vartojama keturis kartus per dieną septynias dienas, todėl yra didesnė tikimybė, kad pacientai nesilaikys režimo tinkamai arba nesilaikys iki galo. Moterims jis taip pat gali sukelti pykinimą, vėmimą ir mielių infekcijas, todėl jo negalima vartoti nėštumo ar žindymo laikotarpiu. Vienas iš jo pranašumų yra tas, kad jis yra pigesnis nei azitromicinas.
Yra keletas kitų vaistų, kurie gali būti skiriami kaip antibiotikai nuo chlamidijos ir kurie, kaip žinoma, yra veiksmingi gydant ligą. Ofloksacino ir levofloksacino, dviejų panašių vaistų, išgydymo greitis yra panašus į azitromicino ir doksiciklino, tačiau jie kainuoja daugiau ir reikalauja septynių dienų dozavimo režimų, taip pat sukelia sausgyslių pažeidimo riziką vartojant. Todėl jie turi mažai pranašumų prieš kitus vaistus. Kitas variantas yra eritromicinas; jis yra pigesnis nei kiti gydymo būdai, nėščios moterys gali jį vartoti, tačiau jis yra mažiau veiksmingas nei kai kurie kiti vaistai, jį reikia vartoti septynias dienas ir gali sukelti stiprų pykinimą ir vėmimą. Amoksicilinas taip pat kartais rekomenduojamas nėščioms moterims, sergančioms chlamidijomis, gydyti, nors jo išgydymo greitis nėra toks didelis, kaip azitromicinas, todėl jį taip pat reikia vartoti septynias dienas, kad būtų veiksmingas.