Norint sėkmingai vykdyti pelno nesiekiančią veiklą, reikia gerai suprasti vietos ir organizacijos apskaitos taisykles. Vietinius reikalavimus atitinkančios pelno nesiekiančios apskaitos sistemos kūrimas yra vienas iš būdų jų laikytis. Kruopštus ir etiškas finansinės veiklos apskaitos tvarkymas taip pat padidina pelno nesiekiančios apskaitos tikslumą ir teisėtumą.
Ne pelno organizacijoms nereikia kreiptis dėl atleidimo nuo mokesčių, tačiau tai gali padidinti lėšas, skirtas organizacijos tikslams. Išimčių reikalavimai yra būdingi regionui, todėl reikia pasikonsultuoti dėl papildomos informacijos. Pavyzdžiui, ne pelno statuso gavimas nereiškia federalinio atleidimo nuo mokesčių JAV.
Pelno nesiekiantys apskaitos skyriai turėtų žinoti, kad apskaitos procedūros skiriasi priklausomai nuo geografinės vietos. Daugelis JAV įmonių taiko visuotinai priimtus apskaitos principus, o daugelis tarptautinių įmonių taiko tarptautinius finansinės atskaitomybės standartus. Mokesčių reikalavimai taip pat skiriasi priklausomai nuo regiono.
Apskaitą turintį asmenį palikti darbuotojus gali būti naudinga kuriant apskaitos sistemą arba pateikiant mokesčius, tačiau organizacijos, neturinčios šios prabangos, gali apsvarstyti galimybę užbaigti savarankiškas mokymo programas arba samdyti išorės pagalbą. Norintiems užpildyti reikalingas formas patiems, vietos mokesčių institucijos dažnai teikia mokomąsias formas ir procedūras. Sertifikuoti buhalteriai taip pat gali suteikti daug informacijos apie politiką ir procedūras.
Kad buhalterinė apskaita būtų sėkminga, reikalingas geras apskaitos vedimas. Gali būti naudinga turėti finansų vadovui prieinamus įstatus, organizacijos politiką ir mokesčių reikalavimus. Kai kurios apskaitos programinės įrangos programos įspės vartotojus, kai jiems trūksta informacijos, tačiau tiems, kurie dirba be programinės įrangos, darbuotojus apie procedūrinius reikalavimus gali žinoti kontrolinis reikalavimų sąrašas.
Konkrečių mokesčių reikalavimų žinojimas padeda organizacijoms sukurti ir pagalbines apskaitos sistemas. Pavyzdžiui, JAV pelno nesiekiančios įmonės kiekvienais mokestiniais metais turi pateikti ataskaitą su atitinkama 990 forma. Reikalingoje ataskaitoje yra finansinės padėties ataskaita, panaši į balansą, veiklos ataskaita, panaši į pelno (nuostolių) ataskaitą, ir pinigų srautų ataskaita. 990 reikalauja informacijos apie tvarkaraščius, nepinigines įmokas, neapmokestinamas obligacijas ir vadovų atlyginimus. Todėl JAV pelno nesiekianti apskaitos sistema galėtų būti sukurta remiantis informacija, kurios reikalaujama šiuose konkrečiuose mokesčių dokumentuose, kad būtų supaprastintos padavimo procedūros.
Pagrindinis pelno ir ne pelno įmonių apskaitos procedūrų skirtumas yra išlaidų ir pajamų skirstymas į kategorijas. Neapmokestinamos pajamos dažnai skirstomos pagal paramos tipą, nes ne pelno siekiantis finansavimas gali būti gaunamas iš įvairių šaltinių. Tam tikrose vietose pelno nesiekiančios išlaidos taip pat turi būti pažymėtos, kad organizacinės išlaidos būtų tinkamai panaudotos surinktoms pajamoms.
Finansų valdymo programinė įranga gali padėti ir pelno nesiekiantiems apskaitos skyriams. Programinės įrangos paketai, tinkami ne pelno apskaitai, šiek tiek skirsis nuo programinės įrangos, naudojamos pelno siekiančiose įmonėse. Pavyzdžiui, pelno nesiekianti apskaitos programinė įranga apima galimybę klasifikuoti išlaidas keliomis etiketėmis ir galimybę atskirti pajamas bei jų reikalavimus.