Geriausi patarimai, kaip pašalinti pelėsį iš medienos, paprastai priklauso nuo to, kokioje mediena pelėsis auga. Dažytai arba beicuotai medienai gali prireikti kitokių pašalinimo būdų nei plikai. Apskritai, pelėsių pašalinimas iš medienos paprastai yra toks paprastas, kaip jį nušveisti pelėsių šalinimo priemone ar kita dezinfekavimo priemone, nuplauti ir leisti išdžiūti. Pelėsiai retkarčiais atsiranda po dažų sluoksniais arba dėmėmis ant medienos, tokiu atveju gali tekti nušlifuoti medienos gabalą prieš pradedant pelėsių pašalinimo procesą. Kartais pakanka vien šlifavimo, kad pašalintumėte storus pelėsių sluoksnius nuo bet kokios rūšies medienos, nereikia dezinfekuoti.
Žmonės, norintys pašalinti pelėsį nuo medienos, gali norėti ieškoti gaminio, specialiai sukurto pelėsių šalinimui. Šiuos gaminius galima įsigyti su daugybe skirtingų prekių ženklų ir paprastai juos galima rasti daugumoje techninės įrangos ar sargybinių parduotuvių. Kai kurie žmonės nenaudoja šių produktų, o nusprendžia pašalinti pelėsius naudodami naminius valiklius arba kitas jau turimas dezinfekavimo priemones. Kai kurie dalykai, kuriuos žmonės naudoja pelėsiui šalinti, yra chloro baliklis arba skalbimo soda, praskiesta vandeniu. Šių skirtingų pelėsių šalinimo metodų efektyvumas gali skirtis, todėl žmonės nesutaria, kokį metodą geriausia naudoti pelėsių pašalinimui iš medienos.
Pelėsių šalinimo produktų naudojimo instrukcijos gali skirtis, tačiau dažniausiai viską, kas naudojama pelėsiui pašalinti, reikia nušveisti ant pelėsio vietos ir tada nuplauti. Šį procesą reikia kartoti, kol išnyks visi pelėsio požymiai, tačiau svarbu nepamiršti, kad nepaisant to, kiek šveičiate, dėmių vis tiek gali likti. Šios dėmės nebūtinai reiškia, kad vis dar yra pelėsio. Po šveitimo ir skalavimo, anksčiau supelijusią vietą reikia leisti išdžiūti. Jei pelėsis buvo ant baldų, kelioms valandoms laikant jį lauke saulėje, gali sunaikinti likusios pelėsių sporos.
Pelėsių pašalinimas iš medienos yra šiek tiek sudėtingesnis, kai mediena yra dažoma arba beicuota. Pelėsiai gali augti po dažais ir dėmėmis, todėl paprasčiausiai nušveisti pelėsį gali būti neveiksminga. Supelijusią medieną gali tekti nušlifuoti, kad žmogus patektų į suformuotas vietas. Daugelis žmonių šlifuoja, kai pasiekia pelėsį po dažais, nes taip irgi galima pašalinti pelėsius. Asmeniui, kuris šiuo ar kitu būdu naikina pelėsius, labai svarbu dėvėti apsaugines veido priemones, nes pelėsiu yra nepaprastai pavojinga kvėpuoti ir gali pasireikšti sunkios alerginės reakcijos ar infekcijos.