Siekiant sumažinti ligų perdavimo riziką, švirkštas turi būti naudojamas tik vieną kartą, o po to sterilizuojamas prieš naudojant kitą kartą, kad mikrobai ar ligos neperduotų tarp pacientų. Prieš išmontuojant ir sterilizuojant švirkštą reikia įkišti tik į vieną buteliuką su vaistu ir įkišti į vieną asmenį ar gyvūną. Geriausias būdas sterilizuoti švirkštą yra veikiant aukštai temperatūrai, nors yra keletas cheminių medžiagų, kurios gali būti naudojamos sterilizuojant švirkštą, kai neįmanoma pasiekti tinkamos įrangos.
Geriausias būdas sterilizuoti švirkštu yra naudoti mašinas, žinomas kaip autoklavas, kurios dažnai būna ligoninėse ir laboratorijose, kur jos naudojamos įvairiai įrangai sterilizuoti. Stiklinius švirkštus, kurie jau retai naudojami, galima įdėti į šias mašinas ir kaitinti iki 248 laipsnių pagal Farenheitą (120 laipsnių Celsijaus) 15–20 minučių. Plastikiniai švirkštai gali būti pažeisti tokio karščio metu ir paprastai yra skirti išmesti vieną kartą panaudojus. Adatos, naudojamos injekcijoms, gali būti dedamos į šiuos aparatus sterilizavimui ir pakartotinai naudojamos. Maži gydytojų kabinetai ar klinikos, neturinčios savo autoklavo, dažnai išsiųs užterštus švirkštus tinkamai sterilizuoti ir išmesti.
Temperatūra autoklave yra žymiai aukštesnė nei verdančio vandens. Nepaisant to, stikliniai švirkštai yra vienas iš švirkštų sterilizavimo būdų. Šis metodas nėra toks efektyvus kaip autoklavo naudojimas ir gali platinti ligas, nes nebūtinai sunaikina visas sporas. Šis metodas turėtų būti naudojamas tik kritiniais atvejais. Siekiant pagerinti sterilizaciją, į vandenį reikia įpilti nedidelį kiekį fenolio alkoholio. Kai vanduo užvirs, stiklinį švirkštą reikia palikti 15–20 minučių.
Plastikiniai švirkštai paprastai skirti išmesti po vieno panaudojimo. Nepaisant to, gali kilti situacijų, kai žmogui reikia pakartotinai panaudoti švirkštą. Tokiu atveju geriausi patarimai, kaip sterilizuoti švirkštą, yra švirkšto išplovimas vandeniu ir balikliu.
Norint atlikti švirkšto sterilizavimą vandeniu ir balikliu, prieš išpurškiant skystį reikia iki pusės užpildyti švirkštą mišiniu ir stipriai pakratyti. Šį procesą reikia kartoti tol, kol švirkšte nebus kraujo ar vaistų pėdsakų, prieš kelis kartus nuplaunant jį grynu vandeniu. Tai nepašalins visų virusų, bakterijų ar kitų teršalų ir turėtų būti atliekama tik kritiniu atveju, kai nėra sterilaus švirkšto.