„Rootkit“ pašalinimas gali būti sudėtingas ir varginantis procesas, nors yra keletas patarimų, kurie gali šiek tiek palengvinti procesą. Tam tikros saugos programos gali gana patikimai aptikti ir susidoroti su rootkit, kurie gali būti kompiuteryje, nors ne visos saugos ir antivirusinės programos gali tai veiksmingai padaryti. „Rootkit“ galima pašalinti rankiniu būdu, nors daugeliui kompiuterių vartotojų tai gali būti nepraktiška. Pašalinus „Rootkit“, gali reikėti visiškai iš naujo suformatuoti užkrėstą standųjį diską, o vėliau iš naujo įdiegti bet kurią disko operacinę sistemą (OS).
„Rootkit“ yra kenkėjiškos programinės įrangos tipas, galintis pasiekti kompiuterinę sistemą ir būti įdiegtas įvairiuose OS lygiuose. Kai sistemoje yra rootkit, jis paprastai padeda paslėpti kitas kenkėjiškų programų formas, pvz., virusus ar kirminus, arba suteikti neteisėtiems vartotojams prieigą prie kompiuterio sistemos per užpakalines duris. Tačiau „rootkit“ pašalinimas gali būti labai sunkus dėl to, kaip „rootkit“ veikia kompiuterinėje sistemoje, ir net esant standartiniam antivirusiniam nuskaitymui, mažai tikėtina, kad esamas rootkit bus aptiktas. Geriausia ir lengviausia rootkit pašalinimo forma yra prevencija, dažniausiai naudojant antivirusinę ir kitą saugos programinę įrangą.
Tačiau kai kompiuterio sistemoje yra rootkit, kartais gali padėti saugos programa, skirta pašalinti rootkit. Daugelis saugos rinkinių, pvz., antivirusinės programos su kitomis saugos funkcijomis, neturi reikalingų paslaugų, reikalingų rootkit pašalinimui, todėl dažnai reikalinga specializuota programinė įranga. Šią programinę įrangą paprastai reikia paleisti iš neužkrėsto disko, pvz., kompaktinio disko (CD) arba universaliosios nuosekliosios magistralės (USB) standžiojo disko. Tačiau net ir tokio tipo „rootkit“ pašalinimas gali nepavykti, atsižvelgiant į „rootkit“ ir tai, kaip gerai jis apsaugotas nuo saugos programinės įrangos.
Viena iš efektyviausių rootkit pašalinimo formų, nors ir gana drastiška, yra visiškai suformatuoti užkrėstą standųjį diską. Taip pašalinami visi diske esantys duomenys, įskaitant OS failus, visas diske įdiegtas programas, vartotojo sukurtus asmeninius failus ir tame standžiajame diske įdiegtas tvarkykles. Iš naujo suformatavus standųjį diską, „rootkit“ pašalinimas turėtų būti baigtas, o OS ir kiti failai gali būti iš naujo įdiegti ir įdėti į diską. Failų atkūrimas iš užkrėsto disko gali būti atliktas prieš formatuojant iš naujo, tačiau tai turi būti daroma atsargiai, siekiant užtikrinti, kad rootkit nepatektų į įrenginį, į kurį kopijuojami failai.