Yra daug įvairių patarimų ir pasiūlymų, kaip pašalinti šnipinėjimo programas ir virusus iš kompiuterio. Atnaujintos antivirusinės programos palaikymas yra vienas iš svarbiausių patarimų, kaip užkirsti kelią šnipinėjimo programoms ir virusams ir juos pašalinti. Kai kompiuteris yra užkrėstas, dažnai gali prireikti pašalinti šnipinėjimo programas ar virusus iš kompiuterio, paleidžiant sistemą saugiuoju režimu arba iš disko. Nors galbūt netinka šnipinėjimo programoms ir virusams pašalinti iš kompiuterio, vienas geriausių patarimų kompiuterių naudotojams yra lavinti kruopščius kompiuterio naudojimo įpročius, kad pirmiausia būtų išvengta daugumos kenkėjiškų programų.
Šnipinėjimo programų ir virusų pašalinimas gali būti vienas iš sunkiausių ir nemaloniausių veiksmų, kuriuos kada nors turės atlikti kompiuterio vartotojas. Kai kenkėjiškos programinės įrangos dalis įsidiegė kompiuteryje, ją pašalinti gali būti gana sunku ir gali prireikti daug pastangų. Kompiuteryje turi būti įdiegta puiki antivirusinė programa ir ši programa turi būti nuolat atnaujinama. Nauji virusai ir šnipinėjimo programos atrandamos nerimą keliančiu dažnumu; Siekiant užtikrinti tinkamą šnipinėjimo programų ir virusų pašalinimą iš sistemos, toje sistemoje esanti antivirusinė programa turi sugebėti atpažinti naują kompiuteryje esančią kenkėjišką programinę įrangą.
Kenkėjiška programinė įranga dažnai sugeba ne tik pakeisti kompiuterio veikimą, bet ir pasislėpti kompiuterinėje sistemoje bei apsunkinti šnipinėjimo programų ir virusų pašalinimą. Tai galima padaryti įvairiais būdais, tačiau vienas iš labiausiai paplitusių yra tai, kad virusų programa pati paslepia diegimo operaciją operacinės sistemos (OS) įkrovos prioritetuose. Tai atlikus, jei virusas bus pašalintas iš kompiuterio, virusas bus įdiegtas iš naujo, kai kompiuteris bus paleistas iš naujo ir OS vėl bus paleista. Norint išspręsti šią problemą ir užtikrinti tinkamą šnipinėjimo programų ir virusų pašalinimą, kompiuteris gali būti paleistas saugiuoju režimu arba iš OS disko, kuris apeina viruso sukurtą diegimo instrukciją, o tada paleisti antivirusinę programą.
Kol bet kokių svarbių duomenų standžiajame diske atsarginės kopijos yra tinkamai sukurtos, šnipinėjimo programų ir virusų pašalinimas taip pat gali būti palengvintas formatuojant diską. Tai yra kraštutinė priemonė, tačiau tai yra vienas iš būdų užtikrinti, kad kenkėjiška programinė įranga būtų pašalinta. Taip pat paprastai lengviau visiškai išvengti šnipinėjimo programų ir virusų pašalinimo laikantis saugių kompiuterio naudojimo įpročių, ypač prisijungus prie interneto. Reikėtų vengti keistų nuorodų ir įtartinų laiškų, o antivirusinė programa, nuskaitanti svetaines ir nuorodas, taip pat gali būti gana naudinga.