Gerklėje arba ryklėje bet kuriuo metu yra daugybė įvairių bakterijų. Buvo atlikti keli tyrimai, siekiant nustatyti normalią gerklės florą – bakterijas, kurių yra daugumoje sveikų žmonių. Kai kurios gerklėje gyvenančios bakterijos gali sukelti ligas, jei šeimininkas patiria stresą, o kitos atlieka neutralų ar net naudingą vaidmenį šeimininko sveikatai. Norėdami sužinoti daugiau apie savo specifines gerklės bakterijas, žmonės gali turėti bakterijų kultūrą, kurios metu paimamas gerklės tepinėlis ir kultivuojamas, kad būtų galima pamatyti, kas auga.
Daugelio žmonių gerklėje bet kuriuo metu galima rasti Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus ir Proteus genčių bakterijų. Taip pat paplitusios Spirochaetes ir Actinomycetes klasių bakterijos, taip pat Haemophilus influenze ir Pesudomonas aeruginosa organizmai. Normali bakterijų pusiausvyra prisideda prie virškinimo sistemos darbo, taip pat atbaido blogąsias bakterijas, kurios gali įsiskverbti į gerklę.
Skaitytojai gali atpažinti kai kurių normalios gerklės floros pavadinimus. Streptococcus yra bakterijų gentis, susijusi su streptokoku, gerklės infekcija, kurią sukelia kolonizacija su Streptococcus A grupės bakterijomis. Neisseria, kita gerklės gyventoja, gali sukelti meningitą Neisseria meningitidis infekcijos forma, o Corynebacterium diphtheriae yra atsakinga už difteriją. Šių organizmų buvimas gerklėje nebūtinai reiškia, kad žmogus susirgs, nebent šeimininkas patirs stresą ar blogą sveikatą, dėl kurio bakterijos atsiras.
Daugumą gerklės skausmų ir gerklės infekcijų iš tikrųjų sukelia ne bakterijos, o virusai ar grybeliai, o pienligė – infekcija, kurią sukelia Candida albicans grybelių kolonizacija. Kai bakterijų pusiausvyra tampa nekontroliuojama ir viena jų rūšis pradeda augti per greitai, žmonės gali jausti gerklės skausmą ir įvairius kitus simptomus. Galima atlikti gerklės pasėlį, kad išsiaiškintų, kuris organizmas atsakingas, o normaliai pusiausvyrai atkurti gali būti paskirti antibiotikai.
Ilgalaikio antibiotikų vartojimo tyrimai parodė, kad žmonės gali sutrikdyti burnos ir gerklės bakterijas, jei ilgą laiką vartoja antibiotikus. Tai savo ruožtu gali padaryti žmones jautrius tokiems dalykams kaip mielių infekcijos, nes pašalinama bakterijų konkurencija dėl išteklių. Tai yra viena iš priežasčių, kodėl medicinos specialistai stengiasi būti atsargūs skirdami antibiotikus ir užtikrinti, kad pacientai vartotų antibiotikus taip, kaip nurodyta, kad išvengtų ilgalaikių sveikatos problemų.